پنبه مهمترین گیاه لیفی دنیاست. اصلاح ژنتیکی پنبه به دلیل همبستگی منفی عملکرد و کیفیت الیاف و همچنین عدم اطلاع کافی در مورد ژنهای موثر در کیفیت الیاف مشکل می باشد. جهت غلبه بر محدودیت های اصلاح کلاسیک، محققان انتخاب به کمک نشانگر را مد نظر قرار می دهند. 16 دورگ به روش تلاقی دای آلل دو طرفه از چهار واریته ساحل و سپید (گونه هیرستوم)، و باربادنس 5539 و ترمز14 (گونه باربادنس) بدست آمد. نتایج نشان داد که گونه باربادنس دارای ترکیب پذیری عمومی بالا برای طول الیاف، یکنواختی الیاف، استحکام الیاف، و شاخص بذر بود. نسبت ترکیب پذیری عمومی به خصوصی برای صفات کیفی شامل کیل، یکنواختی، استحکام، کشش، ظرافت الیاف و شاخص بذر بزرگتر از یک بود که نشان دهنده وجود اثرات ژنتیکی افزایشی برای اکثر صفات به جزء طول 5/2% الیاف می باشد. هتروزیس مثبت در تلاقی های درون گونه ای برای کیل و ظرافت الیاف مشاهده شد. همچنین، هتروزیس منفی در تلاقی بین گونه ای برای صفت کیل و ظرافت الیاف بدست آمد. برای صفات طول و استحکام الیاف، هتروزیس مثبت در همه هیبریدها مشاهده گردید. باربادنس 5539 و ترمز 14 (گونه باربادنس) دارای اثرات ترکیب پذیری عمومی مثبت برای ارتفاع، تعداد قوزه و تعداد شاخه زایا بودند. برعکس، ارقام سپید و ساحل (گونه هیرستوم) دارای اثرات ترکیب پذیری عمومی منفی برای این صفات بودند. ژنوتیپ گونه باربادنس ترکیب پذیری عمومی منفی برای تعداد شاخه رویا، طول شاخه زایا و وزن قوزه داشت و بالعکس ژنوتیپ گونه هیرستوم دارای ترکیب پذیری عومی مثبت برای این صفات بود. نسبت ترکیب پذیری عمومی به ترکیب پذیری خصوصی برای همه صفات مورفولوژیکی مورد مطالعه با استثنای طول شاخه زایا بزرگتر از یک بود که نشان دهنده وجود اثرات ژنتیکی افزایشی می باشد. از 98 نشانگر ریزماهواره برای مطالعه چندشکلی در والدین تلاقی بین گونه ای (سپید × باربادنس 5539) استفاده شد که 15 نشانگر چندشکلی نشان دادند. سه گروه لینکاژی در کروموزم های 20، 23 و 26 تشخیص داده شد. 5 qtl نیز مشخص گردید. یک qtl برای صفت استحکام الیاف بین نشانگرهای bnl3140 و bnl1231 (کروموزم 20)، یک qtl برای عملکرد بین نشانگرهای bnl341 و bnl3482 (کروموزم 26)، یک qtl برای وزن قوزه بین نشانگرهای bnl341 و bnl3482 (کروموزم 26)، یک qtl برای صفت شاخص بذر بین نشانگرهای bnl1317 و bnl3034 (کروموزم 23) و یک qtl برای صفت درصد کیل بین نشانگرهای bnl1317 و bnl3034 (کروموزم 23) بدست آمد.

به منظور ارزیابی تحمل ژنوتیپ های پنبه به شوری در مرحله گیاهچه ای، آزمایشی در گلخانه و داخل گلدان به صورت طرح های خرد شده در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با دو فاکتور ژنوتیپ های پنبه در 30 سطح و شوری در 4 سطح(0، 5، 10 و 15 میلی موس بر سانتی متر) با سه تکرار اجراء گردید. در این آزمایش درصد سبز شدن، سرعت سبز شدن، ارتفاع ساقه، تعداد برگ، سطح برگ، وزن خشک برگ و ساقه و ریشه، نسبت وزن خشک ریشه به بخش هوایی گیاه و همچنین نسبت پتاسیم(k) به سدیم(na) در ریشه و اندام های هوایی در تیمارهای مختلف اندازه گیری شد. نتایج حاصله نشان داد که با افزایش سطح شوری کلیه صفات یاد شده، به غیر از نسبت وزن خشک ریشه به اندام های هوایی که در سطح شوری 5 میلی موس بر سانتی متر نسبت به شاهد افزایش و در سطوح شوری بالاتر کاهش پیدا کرد، بطور قابل توجهی کاهش یافتند. در بین صفات اندازه گیری شده سطح برگ از حساسیت بیشتری برخوردار بود و کاهش آن در نتیجه تنش شوری شدیدتر بود در حالی که نسبت وزن خشک ریشه به ساقه از حساسیت کمتری نسبت به سایر صفات برخوردار بود. اثر متقابل شوری و ژنوتیپ های پنبه از نظر سطح برگ، وزن خشک برگ و نسبت وزن خشک ریشه به بخش هوایی در سطح 5 درصد معنی دار بود. نتایج نشانگر عکس العمل متفاوت ژنوتیپ های پنبه به شوری می باشد. از نظر شاخص حساسیت به شوری ژنوتیپ های شیرپان و نازیلی 84 در مرحله سبز شدن و ژنوتیپ های کوکر349*312 در مرحله گیاهچه ای ژنوتیپ های برتر بودند و ژنوتیپ های زودرس موتاژنز و 43259 در هر دو مرحله سبز کردن و گیاهچه حساس ترین ژنوتیپ های مورد آزمایش بودند.نسبت k/na در ریشه و بخش هوایی در چهار ژنوتیپ انتخاب شده بر اساس بیشترین وزن خشک ریشه، ساقه و برگ نسبت به شاهد به عنوان معیار تحمل و حساسیت انتخاب گردید. به طوری که میزان سدیم برگ های دو ژنوتیپ 43347 و ترمزـ 14 با افزایش شوری نسبت به دو ژنوتیپ شیرپان و کوکر349*312 افزایش یافت.در حالی که این میزان در ریشه ها کاهش یافت و در ریشه ها عکس این حالت بود. نسبت k/ na ریشه های دو ژنوتیپ 43347 و ترمزـ14 نسبت به دو ژنوتیپ دیگر، مقدار بالایی را به خود اختصاص دادند. در برگ مقدار k در ژنوتیپ های شیرپان و کوکر349*312 بیشتر از از دو ژنوتیپ 43347 و ترمرـ14 بود و نسبت k / na در برگ ژنوتیپ های شیرپان و کوکر 349*312 مقدار کمتری از دو ژنوتیپ دیگر برخوردار بودند.به نظر می رسد افزایش ارتفاع گیاهچه، سطح برگ و وزن خشک برگ در دو ژنوتیپ شیرپان و کوکر 349*312 نسبت به دو ژنوتیپ ترمزـ14 و 43347 به دلیل سدیم و افزایش پتاسیم در برگ باشد که وجود پتاسیم در کنترل روزنه های برگی از جهت فتوسنتز و کمبود سدیم در کاهش سمیت می تواند دلیل قانع کننده ای بر رشد مطلوب ژنوتیپ های شیرپان و کوکر 349*312 باشد. ضرایب همبستگی نیز نشان داد که همگی صفات ارزیابی شده با یکدیگر به صورت دو به دو دارای همبستگی مثبت و معنی دار بودند.