چکیده آویشن گیاهی معطر، دارویی و بومی ایران است. 14گونه آویشن در ایران شناسایی شده است که در نواحی مختلف جغرافیایی و اکولوژیکی کشور پراکنده اند. در بین گونه ها، گونه آویشن دنایی thymus daenensis به طور وسیعی در غرب کشور گسترش دارد و دارای کاربردهای داروسازی است. اطلاع از تنوع بین و درون گونه ای راهکارهای حفاظت ژنتیکی برای جمعیت های کوچک در حال انقراض فراهم می نماید. امروزه نشانگرهای مولکولی مختلفی به وفور در انسان، گیاه، حیوان و به منظور مطالعات پایه ای و یا کاربردی مورد استفاده قرار می گیرند. از کاربردهای مهم نشانگرهای مولکولی می توان به استفاده گسترده در انگشت نگاری، اینترگرسیون آلل ها و مطالعه تنوع ژنتیکی بسیاری از گیاهان دارویی اشاره کرد. یکی از نشانگرهای مولکولی که می توان اشاره کرد، نشانگرrapd است. نشانگر rapd از تکثیر بالایی برخوردار می باشد و نیاز به اطلاعات اولیه در مورد ردیف dna ژنوم برای طراحی و ساخت آغازگر ندارد. در این تحقیق 90 نمونه اویشن دنایی از 18 جمعیت که توزیع مناسب جغرافیایی در کشور داشتند براساس فلور ایران جمع آوری شدند. 16 آغازگر rapd برای تکثیر 145 نوار استفاده شد که از میان آنها 127 (87%) نوار چند شکل بودند. در این بین آغازگر cgs-36 با 15 نوار چند شکل و آغازگر opa-01 با 3 نوار چند شکل به ترتیب بیشترین و کمترین تعداد نوار چند شکل را به خود اختصاص دادند. میانگین تعداد قطعات در هر آغازگر در ژنوتیپ های مورد بررسی 06/9 عدد بود و دامنه ی اندازه قطعات تکثیر شده بین 150 تا 1250 جفت باز مشاهده گردید. آغازگرهای c3 و c9 به ترتیب بیشترین و کمترین محتوای چند شکلی (pic)را نشان دادند. تنوع ژنی نی 53/1 و شاخص شانون برابر 449/0 محاسبه شد. نتایج این تحقیق نشان داد که استان های اصفهان و چهارمحال و بختیاری به ترتیب بیشترین و کمترین تنوع را دارا هستند. تجزیه واریانس مولکولی (amova) بین جمعیت ها براساس نواحی جغرافیایی نشان دادند که تنوع بین جمعیت ها تنها 12/18% از تنوع کل دارا بود، در حالی که تنوع درون جمعیت برابر 87/81% است. همچنین روابط ژنتیکی بین نمونه ها با استفاده از ماتریس تشابه jaccard محاسبه و دندوگرام حاصل با استفاده از روش upmga ترسیم گردید. نتایج نشان داد که سه مولفه ی اول در مجموع 86/22% از کل تغییرات را توجیه نمودند. نشان دهنده این مطلب است که نشانگرها در کل ژنوم پخش شده اند نتایج تجزیه و تحلیل نمودار خوشه ای و تجزیه به مولفه های اصلی تعدیل شده نشان دادند که اکثر ژنوتیپ ها براساس توزیع جغرافیایی گروه بندی شده است.