در این مطالعه از توالی ژن های mating type و histone h3 جهت بررسی روابط فیلوژنتیکی گونه های قارچ fusarium graminearum sensu lato جدا شده از نمونه خاک های مناطق مختلف جغرافیایی ایران شامل نواحی شمالی، نواحی جنوبی و نواحی شمال غربی استفاده شده است. برای تکثیر نواحی mating type از آغازگرهای m12-2/m12-3 و m21-1/m21-2 و برای تکثیر ژن histone h3 از آغازگرهای h3f1/h3r1 استفاده شد. قطعات تکثیر شده توالی یابی شدند. توالی ها با استفاده از نرم افزار clustal w همردیف شدند و سپس با استفاده از نرم افزار mega 4 مورد تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی قرار گرفتند. درخت فیلوژنی با استفاده از سه متد maximum parsimony (mp)، minimum evolution (me) و neighbor-joining (nj) و توالی ژن های فوق در گونه f. pseudograminearum به عنوان برون گروه ترسیم گردید. درخت بدست آمده از توالی ژن های mat1-1-2 و histone h3 جدایه های مورد بررسی را به چهار گروه متفاوت و درخت بدست آمده از توالی ژن mat1-2-1 جدایه های مورد بررسی را به سه گروه متفاوت تقسیم کردند. این نتایج نشان داد که جدایه های مورد آزمایش دارای تنوع ژنتیکی هستند. همچنین اقدام به همردیف سازی توالی های بدست آمده با توالی های استاندارد موجود در بانک ژن ncbi شد که نتایج بدست آمده نشان داد تمام جدایه های مورد بررسی به گونه f. graminearum sensu strico تعلق دارند.