این تحقیق به منظور مطالعه تنوع ژنتیکی، بررسی روابط بین صفات مختلف با یکدیگر، شناخت عوامل پنهانی بر عملکرد، بررسی اثرات مستقیم و غیرمستقیم صفات کمی و کیفی بر عملکرد 66 لاین موتانت به همراه سه والد و دو رقم شاهد محلی در آزمایشی در قالب طرح بلوک کاملاً تصادفی در 3 تکرار و در طی 3 سال انجام گرفت. نتایج تجزیه واریانس مرکب اثر مربوط به لاین ها برای اکثر صفات به جز شکل دانه و درصد برنج خرد، بسیار معنی دار شد. صفات ارتفاع، روز تا 50درصد گلدهی، روز تا رسیدگی کامل، طول برگ پرچم، نسبت طول به عرض برگ پرچم، نمره بلاست و درصد عقیمی از وراثت پذیری عمومی بالایی برخوردار بودند و صفات عملکرد، ارتفاع و روز تا رسیدگی کامل بیشترین پیشرفت ژنتکی را داشتند. صفات تعداد دانه در خوشه،طول خوشه، تعداد پنجه، وزن صددانه، روز تا رسیدگی کامل و دمای ژلاتینی شدن دارای ضریب همبستگی مثبت و معنی داری با عملکرد داشتند. تجزیه خوشه ای به طور جداگانه برای داده های کمی و کیفی به روش دسته بندی همبستگی کامل(clink) انجام شده است که برای داده های کمی، لاین های موتانت به 5 دسته با ضریب همبستگی کوفنتیک 93/94 و برای داده های کیفی، لاین های موتانت به 5 دسته با ضریب همبستگی کوفنتیک 85/62 بدست آمد. نتایج رگرسیون گام به گام نشان داد که تعداد پنجه، تعداد دانه در خوشه، وزن صد دانه، طول دانه سفید، طول خوشه و قوام و ثبات ژل می توانند به عنوان شاخص های مناسب گزینش به منظور بهبود عملکرد دانه درنظر گرفته شوند. تجزیه به عامل ها 9 فاکتور پنهانی موثر در تنوع را که در مجموع 81/20درصد از تغییرات را توجیه می کرد استخراج نمود. تجزیه متغیر متعارف برای صفات کمی، 3 متغیر و برای صفات کیفی 2 متغیر که در مجموع 99/64 و 88/06 درصد از تنوع بین گروه ها را به ترتیب برای صفات کمی و کیفی توجیه نمود. تجزیه به مولفه های اصلی برای صفات کمی با استخراج 6 مولفه جمعاً 82/45% و برای صفات کیفی با استخراج 4 مولفه، جمعاً 70/9% از تغییرات کل را توجیه نمود. تجزیه همبستگی کانونیک علاوه بر تأکید بر نقش اجزای عملکرد، 4 جفت متغیر کانونیک استخراج نمود که در مجموع 99/1% از تغییرات کل داده ها را توجیه می نمایند.