بررسی تنوع ژنتیکی برنج برای تولید ارقام با کیفیت بالا ضروری است و نشانگرهای ریزماهواره ابزارهای مفیدی برای بررسی تنوع ژنتیکی می باشند. در این مطالعه 48 لاین اصلاح شده و بومی برنج با استفاده از 27 نشانگر ریزماهواره پیوسته با صفات کنترل کننده کیفیت دانه گروه بندی شدند. تعداد الل های چند شکل تولید شده توسط نشانگرها در ارقام مورد بررسی از 2 الل در نشانگرهای rm42، rm60، rm328 و rm502 تا 10 الل در نشانگر rm276 با میانگین تعداد الل 7/4 متغیر بود. تعداد الل موثر از 25/1 الل در نشانگر rm211 تا 25/5 الل در نشانگر rm276 متغیر بود و میانگین تعداد الل موثر در هر مکان ژنی 9/2 الل بود. میانگین تنوع ژنی، شاخص تنوع شانن و میزان اطلاعات چندشکل به ترتیب 61/0، 15/1 و 55/0 بدست آمد که نشان دهنده وجود تنوع بالا بین ارقام مورد مطالعه بود. تجزیه خوشه ای به روش upgma و ضریب تطابق ساده ژنوتیپ ها را به 4 گروه تقسیم بندی کرد و ارقام بومی با کیفیت خوب را از سایر ارقام جدا نمود. به طور کلی نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که نشانگرهای ریزماهواره پیوسته با صفات مرتبط با کیفیت دانه ابزار مناسبی برای شناسایی و پیش بینی کیفیت ارقام برنج به خصوص در نسل های در حال تفکیک در برنامه های به نژادی هستند. از نتایج این تحقیق می توان برای انتخاب والدین مناسب برای تولید ارقام با کیفیت خوب استفاده نمود.