مطالعات زیست شناختی و بوم شناختی منابع آب از موضوعات مهم در پژوهش های علمی است. در این راستا شناخت ویژگی ها، موجودات زنده و مشخصه های زیست محیطی حاکم بر هر اکوسیستم، گام نخست این تحقیقات محسوب می شود. ارزیابی وضعیت کیفی آب ها از طریق پایش دائم آن ها، پایه و اساس برنامه ریزی برای کنترل و کاهش آلودگی محسوب می شود. استفاده از بی-مهرگان کفزی به عنوان شاخص زیستی از پرکاربردترین روش های ارزیابی کیفیت آب است زیرا این جوامع نسبت به آلودگی حساسیت نشان می دهند و می توانند منعکس کننده کیفیت آب در اکوسیستم های آبی باشند. رودخانه تجن یکی از رودخانه های حوضه جنوبی دریای خزر است که از کوه های هزارجریب و پشت کوه رشته کوه البرز سرچشمه گرفته و پس از طی مسافتی حدود 120 کیلومتر به دریای خزر می ریزد. حوضه آبریز این رودخانه در حدود 2000 کیلومتر مربع وسعت دارد. در این تحقیق، به منظور محاسبه شاخص های کیفی nsfwqi, hbi، bmwp و aspt و شاخص های غنا و تنوع درشت بی مهرگان کفزی، در مسیر رودخانه تجن از قبل از ورود به شهر ساری تا ماه فروز محله تعداد 4 ایستگاه انتخاب شد. نمونه برداری از اردیبهشت 1390 تا فروردین 1391 به صورت ماهانه، توسط نمونه بردار سوربر (cm34×cm34) از بستر رودخانه صورت گرفت. نمونه برداری از آب نیز برای تعیین پارامتر های دما، ph، ec، کدورت، bod5، cod، tds، اکسیژن محلول، درصد اشباعیت، نیترات، فسفات و کلیفرم مدفوعی به صورت فصلی انجام شد. در مجموع 9 خانواده متعلق به 7 راسته و 3 رده از بزرگ بی مهرگان کفزی شناسایی شد، که در میان آن ها حشرات آبزی بیشترین تنوع و فراوانی را داشتند. نتایج حاصل از بررسی رودخانه تجن بر اساس شاخص nsfwqi نشان داد که این رودخانه از نظر وضعیت کیفی آب، شرایط چندان مطلوبی ندارد. داده های حاصل از محاسبه این شاخص در طی دوره مطالعه، رودخانه را در طبقه کیفی فقیر قرار داد. شاخص bmwp نیز رودخانه تجن را از نظر کیفی در دو طبقه متوسط و فقیر قرار داد. همچنین با استفاده از شاخص تنوع شانون این رودخانه در طبقه آلودگی متوسط قرار گرفت و براساس شاخص aspt رودخانه در دو طبقه مشکوک به آلودگی و آلودگی متوسط ارزیابی شد. شاخص hfbi هم این رودخانه را در طبقه کیفی نسبتاً ضعیف و ضعیف قرار داد. در این تحقیق در کنار توافق کلی بین شاخص ها در ارزیابی کیفی آب رودخانه تجن، محدودیت هایی در استفاده از شاخص های زیستی در تفسیر روند تغییرات زمانی کیفیت آب مشخص شد که علت آن ها را می توان در عواملی همچون تغییرات بستر رودخانه در طی دوره مطالعه، مدت زمان کم دوره مطالعه با توجه به دوره زندگی و مدت زمان حضور درشت بی مهرگان کفزی در بستر رودخانه، عدم سازگاری دقیق شاخص ها با شرایط ایران به دلیل نبود مطالعات بنیادی در این زمینه نسبت داد.