شانکر پوستی گردوی ایرانی (juglans regia l.) توسط brenneria nigrifluens (wilson et al., 1957) hauben et al., 1998 ایجاد شده و یکی از شایع ترین بیماری های گردو محسوب می شود. این بیماری در باغ های تولید الوار و میوه با ضعیف نمودن درختان سبب ایجاد خسارت می شود. بیماری پوست تنه و شاخه های اصلی را تحت تأثیر قرار می دهد. در مجموع تعداد 71 جدایه باکتری از 114 نمونه ی دارای علائم شانکر جمع آوری شده از مناطق مختلف کشور شامل استان های مازندران، گلستان، کرمان، کرمانشاه و کردستان جداسازی شده و براساس ویژگی های بیوشیمایی، فیزیولوژیکی و الگوی پروتئینی سلولی متعلق به جنسbrenneria تشخیص داده شد. به علاوه 10 جدایه از استان فارس و یک جدایه از استان کهگیلویه و بویراحمد (اهدایی دکتر تقوی، دانشگاه شیراز) و یک جدایه از استان کردستان (اهدایی دکتر حریقی، دانشگاه کردستان) برای مقایسه با استرین های جمع آوری شده از مناطق مختلف کشور دریافت شد. به منظور تعیین دقیق گونه ی جدایه ها از آغازگرهای اختصاصی b. nigrifluens استفاده شد که در نتیجه در 24 جدایه از استرین های مورد بررسی قطعه ی dna مورد انتظار به طول حدود 255 جفت باز تکثیر شد. در آزمون بیماری زایی، پس از گذشت شش تا هشت هفته از زمان مایه زنی نهال های گردو، لکه های آبسوخته و شانکر پیش رونده ای روی سرشاخه های مایه زنی شده ظاهر شد. به علاوه بیمارگر مجدداً از بافت های مایه زنی شده جدا گردید. برای بررسی تنوع ژنتیکی باکتری عامل بیماری چهار آغازگر rep-pcr، هشت آغازگر rapd و یک آغازگر is50 بر اساس تولید چندشکلی و تکرارپذیری انتخاب شد. همچنین یک جدایه ی pectobacterium carotovora pv. carotovora به عنوان کنترل مورد استفاده قرار گرفت. از مجموع چهار آغازگر استفاده شده در نشانگر rep-pcr، 75 جایگاه ژنی با چندشکلی 16/71 درصد، از مجموع هشت آغازگر استفاده شده در نشانگر rapd، 146 جایگاه ژنی با چند شکلی 29/73 درصد و آغازگر is50 نیز 32 جایگاه ژنی را تکثیر نموده و چندشکلی 75/93 درصدی را نشان دادند. تجزیه و تحلیل داده ها با استفاده از نرم افزار mvsp، براساس الگوریتم upgma (unweighted pair group with arithmatic average) و ضریب تشابه جارکارد (jaccard’s coefficients) انجام گرفت. تجزیه و تحلیل خوشه ای داده های حاصل از کاربرد نشانگرهای rep-pcr، rapd و is50 در سطح تشابه 80 درصد جدایه ها را در شش گروه دسته بندی کرد. این نشانگرها توانستند استرین های مورد مطالعه را برحسب ناحیه ی جغرافیایی تفکیک کنند. بر این اساس استرین های استان های فارس و کهگیلویه و بویراحمد در یک گروه، استرین های استان مازندران در یک گروه، استرین های استان های کرمان و گلستان هر کدام در دو گروه مجزا قرار گرفتند. همچنین بیشترین فاصله ی ژنتیکی بین استرین های کهگیلویه و بویراحمد و کرمان مشاهده شد. در نشانگر rep-pcr آغازگر eric-2i، در نشانگر rapd آغازگر opa-12 و همچنین آغازگر is50 بهتر از آغازگرهای دیگر توانستند فاصله ی ژنتیکی جدایه ها را مشخص کنند. این پژوهش اولین بررسی تنوع ژنتیکی استرین های b. nigrifluens در سطح dna می باشد.