دو جریان فقهی اصولی و اخباری در نگرش به منابع فقهی، دیدگاه های متفاوتی را دنبال می کنند که برخاسته از فهم شریعت است و برای اجرای آن اخباریون مراجعه به ظاهر اخبار و اصولیون بر فهم عقلی شریعت تأکید می کنند. در این میان، محقق بحرانی راهی میانه را پیمود که مهمترین خصوصیات تفکر وی بدین شرح است: تحصیل مقدمات استنباط در دوران غیبت را ضروری می داند؛میان رای شخصی و اجماع- که گاه متقدمان، آن را مطابق سلیقه شخصی به کار می بردند-فرق می گذارد؛هرچند اجماع را بر اساس ذوق عامه می داند. تقلید را در صورتی که فتوای فقیه به استناد کتاب و سنت معصومان باشد، می پذیرد. احکام غیر بدیهی را که از راه استدلال و تفکر عقلی به دست می آید، در صورت عدم تعارض با شرع مورد پذیرش قرار می دهد و در صورت تعارض، دلیل شرعی را مقدم بر دلیل عقلی می داند. قابل اعتماد بودن روایات کتاب های شیعی و صحت اخبار آنها، مطرح کردن تقیه در باب تعارض اخبار و تخییر در عمل (نه در فتوا) از دیگر نظرات اصولی وی می باشد. همچنین وی بر خلاف اخباریون به کیفیت رجال اهمیت زیادی داده است و به تحقیق ثبوت و معلوم بودن اتصال آن به ائمه (ع) پایبند می باشد. با توجه به اختلاف اخباریون واصولیون در نگرش به قرآن وحدیث وحجیت عقل واجماع واجتهاد؛شیوه نگارش این نوشتار بر این بوده است که اختلاف نظر محقق بحرانی با سایر فقها از این منظر مورد بررسی قرار بگیرد؛لذا با تفکیک هر کدام از موارد فوق ،سعی شده است تفاوت دیدگاه ها در همان حیطه مورد بررسی قرار گیرد.