ملاصدرا تکوّن نفس را براساس نظریه ای که به حرکت جوهری و تشکیک در وجود معروف است، توجیه و تبیین نموده است. محقق این رساله با بررسی آثار این حکیم فرزانه و مطالعه کتب فلسفی و کلامی و تفسیری وی که بعضاً برگرفته از آیات و روایات است به نتایجی رسیده است که نشان می دهد بسیاری از دیدگاههای این فیلسوف در این مسئله مستند قرآنی دارد؛ از جمله اینکه این حکیم، معتقد به بقاء نفس بوده و بیان می دارد، با مرگ و فنای بدن و فساد آن، نفس همچنان پایدار و جاودانه به حیات خویش ادامه می دهد. او به کمک نظریه حرکت جوهری هم :جسمانیه الحدوث" بودن نفس و هم "روحانیه البقاء" بودن آن را ثابت می نماید. مطابق دیدگاه ملاصدرا، خداوند نیز مبدأ تکوّن نفس انسان و مراحل پیدایش او را در آیات مختلفی بیان فرموده است، از جمله آیات شریفه: «خلقه من ترابٍ»، «من طینٍ» و «من صلصالٍ من حماٍ مسنونٍ» و در ادامه به کمک آیاتی دیگر، تجرد نفس و بقای آن را متذکر می گردد: «لایذوقون فیها الموت الّا الموته الاولی»، « یا ایّتها النفس المطمئنّه ارجعی الی ربّک راضیه مرضیّه»، که ملاصدرا از این آیات و آیات دیگر به همراه ادله فلسفی، خلود نفس را هم نتیجه می گیرد.