انواع مارکرها برای شناسایی صحیح ژنوتیپ ها و ارقام گیاهی قابل استفاده هستند. از آنجایی که مارکر ریزماهواره هم بارز و فراوانند و نیز قابلیت تکثیر قابل اطمینانی دارند، در تحقیق حاضر، برای بررسی امکان شناسایی 33 ژنوتیپ سیب (malus domestica borkh) بومی ایران مورد استفاده قرار گرفتند. نمونه های گیاهی در سال 1388 از کلکسیون موسسه تحقیقات و اصلاح نهال و بذر کرج تهیه شدند و در دانشگاه گیلان مورد بررسی قرار گرفتند. ژنوتیپ های مذکور به وسیله 14 جایگاه ژنی توصیفی ssr جهت تعیین هویت مولکولی تفکیک شدند. در مجموع، 83 آلل چند شکل در این 14 جایگاه ژنی (به طور متوسط 5/92 آلل در هر جایگاه ژنی) نمایان شدند و محتوای اطلاعات چند شکلی به طور میانگین 0/71 بود. دندروگرام به طور یکسان برای داده های مورفولوژیک و مولکولی بر اساس روش upgma رسم شد و ژنوتیپ ها در 7 و 6 گروه اصلی قرار گرفتند. همسانی بالایی میان نتایج مشاهده شد. نشانگر های ریزماهواره مورد استفاده در این مطالعه توانستند با دقت بالاتری تنوع ژنتیکی میان ژنوتیپ ها را نشان دهند. تجزیه به مختصات اصلی، تجزیه کلاستر را جهت مشخص نمودن ارتباط مابین ژنوتیپ ها تایید نمود