ناحیه غنی از ژن mhc با طولی حدود 6/3 مگا جفت باز بر روی بازوی کوتاه کروموزوم 6 قرار دارد. اکثر ژنهای این ناحیه در تنظیم پاسخهای ایمنی بدن نقش دارند. ناحیه mhc در مهرهداران غنیترین منبع پلیمورفیسم پروتئینها را تشکیل میدهد. این ناحیه به سه بخش به نامهای hla کلاس یک، دو و سه تقسیم میشود. ژنهای کلاس دو hla بسیار متنوع هستند و پروتئینهایی را کد میکنند که در عرضه آنتی ژنهای خارجی به سلولهای cd4+t نقش دارند. تنوعات آللی ژنهای کلاس دو به خصوص ژن hla-drb1 با بسیاری از بیماریهای خودایمن از قبیل آرتریت روماتوئید، دیابت تیپ یک و مالتیپل اسکلروز ارتباط دارد. مارکرهای str به دلیل داشتن مزایای متعدد ابزارهای ژنتیکی مفیدی برای مطالعه ارتباط ژنها با بیماریها هستند. از این رو در این مطالعه مارکرهای str درون و اطراف ژن hla-drb1به منظور شناسایی و تعیین مارکر مناسب و اختصاصی برای مطالعه این ژن،مورد بررسی بیوانفورماتیکی وآزمایشگاهیقرار گرفتند. در این راستا ابتداهر مارکر بطور جداگانه درپایگاههای داده mhc(dbmhc) و unistsجستجو شد. سپس توالیهای گروههای هاپلوتیپی drو شش توالی هاپلوتیپ mhc برای بررسی حضور این مارکرها و تعیین محل قرار گیری آنها در توالیهای مزبور، با استفاده از نرم افزارclc main- workbench مورد مطالعه واقع شدند. این مطالعات نشان داد که تنها مارکری که میتواند به طور اختصاصی برای مطالعه ژن hla-drb1 مورد استفاده قرار گیرد، مارکر m2-3-22 میباشد چرا که این مارکر در تمام توالیهای هر سه گروه هاپلوتیپی dr شامل dr51 ،dr52 و dr53 به فاصله حدود 16 کیلو باز از اگزون یک ژن hla-drb1 وجود دارد. به دلیل عدم تطابق پرایمرهای معرفی شده برای این مارکر در dbmhc و unists با توالیهای pgf و reference assembly، مناطق واقع در دو سمت مارکر با حد اکثر تشابه در توالیهای مختلف mhc انتخاب و برای طراحی پرایمرهای جدید توسط نرم افزارهای clc و oligo مورد استفاده واقع شد. پرایمرهای طراحی شده توسط دو نرم افزارe-pcr و blast مورد بررسی قرار گرفت تا جایگاههای اتصال آن در کل توالی ژنوم مشخص شود. سرانجام بهترین جفت پرایمر انتخاب و برای تکثیر لوکوس m2-3-22 در 164 فرد غیر خویشاوند استفاده شد و توانست مارکر مزبور را در تمامی افراد مورد مطالعه با موفقیت تکثیر کند. ژنوتیپ این لوکوس با بررسی محصولات pcrآن بر روی ژل پلیآکریلآمید مشخص شد. سه آلل مختلف از این مارکر شناسایی و تعیین توالی شد. یکی از آللهای شناسایی شده دارای توالی جدید بود که میتواند به عنوان آلل جدید در جمعیت ایرانی مطرح شود. همچنین فراوانی آللی و ژنوتیپی مارکر m2-3-22 در تعادل هاردی-وینبرگ قرار داشت.