در سال های اخیر فناوری اطلاعات و به دنبال آن شاخه های مختلف این علم از جمله امنیت اطلاعات مورد توجه زیادی قرار گرفته اند. لذا نیاز به الگوریتم های رمزنگاری کارآمد که بتوانند اهداف مختلف مورد نظر از جمله سادگی پیاده سازی، سرعت و امنیت بالا را به طور همزمان برآورده سازند بیشتر از پیش احساس می شود. در میان الگوریتم های رمزنگاری موجود، رمزنگارهای دنباله ای به دلیل دارا بودن جنبه های مختلف مذکور، از اهمیت ویژه ای برخوردار می باشند. تحلیل امنیتی و بررسی حملات مختلف قابل اعمال به این رمزنگارها نیز مبحثی است که همواره مورد توجه پژوهشگران رمز بوده است. دو نوع حمله به سیستم های رمز دنباله ای وجود دارد که عبارتند از بازیابی کلید و متمایزکننده. در حمله بازیابی کلید هدف تحلیل گر بازیابی تمام یا قسمتی از کلید است در حالی که در یک حمله متمایزکننده هدف، یافتن شواهدی مبنی بر غیر تصادفی بودن کلید اجرایی حاصل از رمزکننده است. در این پایان نامه، پس از معرفی اجمالی انواع سیستم های رمز دنباله ای و حملات مهم علیه آنها، به طور خاص مبانی حمله متمایزکننده و آزمون فرضیه به عنوان ابزاری مهم جهت اعمال این حمله، به تفصیل بیان می گردند. همچنین یک کاربرد عملی که از حمله متمایزکننده جهت یافتن اطلاعاتی از متن پیام استفاده می شود نیز ذکر می شود. سپس روش اعمال حمله متمایزکننده به رمزکننده هایی با ساختارهای مختلف از قبیل ترکیب کننده و فیلتر حالت، مولدهای کلاک نامنظم و رمزکننده های قالبی به کار رفته در مدهای مختلف به صورت کلی ارائه شده و معیارهایی برای جلوگیری از این حملات ذکر می گردند. همچنین حمله ای جدید نیز به ساختارهای دارای به هنگام سازی خطی ارائه می شود. در ادامه روش هایی جهت اعمال حمله به رمزنگارهای بنیادین asg و جمع کننده نقلی دار و همچنین رمزنگارهای جدید wg و mag مطرح شده و برای هریک پیچیدگی حملات مذکور با حملات پیشین اعمال شده به آنها مقایسه می گردد.