در این تحقیق سعی بر آن است که شیر خام با استفاده از دو روش مایکروویو و htst پاستوریزه گردد و سپس آثار احتمالی این دو روش بر روی پروتئین و اسید های آمینه و نیز چربی و اسید های چرب آن مقایسه گردد. شیر در هر دو سیستم پاستوریزاسیون به روش مایکروویو (540 وات به مدت 6 دقیقه) و htst ، تحت شرایط یکسان 85 درجه سانتی گراد به مدت 15 ثانیه پاستوریزه گردید و سپس در لوله های پلاستیکی بسته بندی شده و در دمای 80- درجه سانتی گراد نگهداری شد. پاستوریزاسیون شیر در هر دو روش توسط آزمون فسفاتاز قلیایی و آزمون میکروبی شمارش کلی میکروب ها و شمارش کلیفرم تایید گردید و نشان داده شد که میزان کل میکروب ها و کلیفرم ها در شیر های حرارت دیده نسبت به شیر خام کاهش داشته است. نتایج بدست آمده حاکی از آن است که برخی خصوصیات فیزیکو شیمیایی همچون درصد چربی و پروتئین، ویسکوزیته ، ph، اسیدیته و درصد رطوبت تیمارهای حرارت داده شده به دو روش مایکروویو و htst تفاوتی با یکدیگر و نسبت به نمونه کنترل (شیر خام) ندارند. حلالیت پروتئین در نمونه های حرارت داده شده نسبت به نمونه کنترل افزایش یافت که این افزایش حلالیت در روش htst بیشتر از روش مایکروویو مشهود بود. نتایج حاصل از بررسی میزان شش اسید آمینه آسپارتیک اسید، گلیسین، گلوتامیک اسید، هیستیدین ، آرژینین و لیزین بر حسب میلی گرم بر لیتر و همچنین درصد وزنی اسید های چرب اندازه گیری شده در تیمارهای شیر نشان داد که استفاده از روش مایکروویو در پاستوریزاسیون شیر از نظر میزان اسید آمینه و اسیدهای چرب کل تفاوتی نسبت به روش پاستوریزاسیون htst ندارد. بررسی ایجاد مواد سمی همچون ایزومر ترانس اسید چرب و فرم d اسید آمینه در اثر حرارت در حد پاستوریزاسیون به دو روش htst و مایکروویو نشان داد اگر چه افزایش کمی در میزان آنها در هر دو روش حرارت دهی نسبت به نمونه کنترل مشاهده شد اما این افزایش معنی دار نبود. پارامترهای طعم، رنگ و پذیرش کلی در تیمارهای حرارت دیده به دو روش ذکر شده اگر چه تفاوت معنی داری نشان دادند ولی این تفاوت به وضوح دیده نمی شود و به طور کلی شیر حرارت دیده با مایکروویو از نظر ارزیابی حسی پذیرش کلی، رتبه اول را کسب کرد. بنابر نتایج این تحقیق، پاستوریزاسیون شیر با مایکروویو در مقایسه با روش متداول htst ، بر خواص تغذیه ای مورد بررسی شیر اثر منفی نداشت و با توجه به مزایایی همچون کاهش مدت زمان پاستوریزاسیون و صرفه جویی در انرژی و پرسنل، می توان گفت این تکنیک از مزایای ویژه ای در صنعت پاستوریزاسیون شیر برخوردار می باشد.