این مطالعه به منظور برآورد میزان تنوع ژنتیکی در جمعیت لاین های مختلف جوجه های گوشتی آرین انجام گرفت. برای انجام این تحقیق200 نمونه خون از هر دو جنس (نر و ماده) در هر یک از جمعیت های a، b، c و d به تعداد 50 نمونه از هر لاین جمع آوری شد. نمونه های خون با حفظ زنجیره سرد به آزمایشگاه منتقل و استخراج dna به روش نمکی بهینه یافته انجام پذیرفت. برآورد تنوع ژنتیکی به کمک 20 نشانگر rapd و با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) صورت گرفت. 13 نشانگر از 20 نشانگر مورد استفاده تکثیر و هر یک سطح مناسبی از چند شکلی را در جمعیت های مورد مطالعه نشان دادند. در جمعیت لاین a، در مجموع 101 باند با میانگین چند شکلی 88/12 درصد شناسایی که کمترین و بیشترین درصد چند شکلی مربوط به نشانگرهای pr-14 و pr-(6, 9, 10, 11, 16) به ترتیب برابر با 60 و 100 درصد بوده است. تعداد کل باندهای شمارش شده در جمعیت لاین b، 97 باند با میانگین چند شکلی 76/29 درصد که بیشترین (100) و کمترین (50) درصد چند شکلی به ترتیب برای نشانگرهای pr-9 و pr-12 ثبت شده است. در جمعیت لاین c، در مجموع 104 باند با میانگین چند شکلی 94/23 درصد که بالاترین (100) و پائین ترین (80) درصد چند شکلی به ترتیب مربوط به نشانگرهای pr-(9, 10, 11, 12, 13, 14, 16) و pr-(6, 17) بوده است. در جمعیت لاین d، در مجموع 118 باند با میانگین چند شکلی 83/90 درصد شناسایی که کمترین و بیشترین درصد چند شکلی مربوط به نشانگرهای pr-12 و pr-(5, 9, 13) به ترتیب برابر با 50 و 100 درصد ثبت شده است. میانگین تعداد آلل های موثر در هر یک از لاین های a، b، c و d به ترتیب برابر با 1/525، 1/451، 1/596، 1/517 و شاخص تنوع ژنتیکی داخل جمعیتی به ترتیب برابر با 0/3092، 0/2642، 0/3387، 0/2982 برآورد شده است. بیشترین (0/2172) و کمترین (0/1556) فاصله ژنتیکی به ترتیب بین جمعیت لاین های (a، c) و (a، b)، بالاترین و کمترین میزان تنوع ژنتیکی داخل جمعیتی به ترتیب در جمعیت لاین c(94/04 درصد) و لاین b (75/04 درصد) مشاهده شد. دندروگرام بدست آمده بر اساس روش تجزیه خوشه ای، در جمعیت های مختلف، لاین ها را در دو گروه مجزا از هم شامل لاین های a، b و c (گروه اول) و لاین d (گروه دوم) قرار داد. نتایج بدست آمده در این مطالعه نشان می دهد که نشانگر rapd می تواند به عنوان تکنیکی توانمند در آنالیز ساختار ژنتیکی جمعیت ها استفاده شود. با توجه به آنالیز باندها، مشخص شده است که تعدادی از نشانگرهای تصادفی بکار رفته در این مطالعه، منجر به تولید قطعات اختصاصی در هر یک از جمعیت لاین های مورد مطالعه شدند. لذا انجام تحقیقات بیشتر در خصوص این قطعات اختصاصی، امکان توسعه نشانگرهای اختصاصی و نیز شناسایی ژن های کاندید مرتبط به صفات تولیدی (qtl) در این لاین ها را میسر می سازد.