از مهم ترین مسائل مربوط به کارت های هوشمند امنیت آنها است، استفاده از الگوریتم رمزنگاری مناسب جهت تراکنش های داده بر روی کارت و یا انتقال آنها از طریق یک محیط ناامن مثل شبکه عمومی از مسائلی است که باید در کاربردهای مختلف کارت هوشمند شهری در نظر گرفته شوند. روشهای رمزنگاری مبتنی بر کلید به دو دسته کلی رمزنگاری متقارن و نامتقارن تقسیم می شوند. روش نامتقارن مطمئن تر از روش متقارن است ولی سرعت آن در مقایسه با روش متقارن کمتر است. بنابراین می توان ابتدا یک کلید متقارن را با استفاده از روش نامتقارن انتقال داد و سپس از آن کلید متقارن برای انجام بقیه تراکنش استفاده کرد. در این پژوهش ضمن بررسی انواع الگوریتم ها ایمن سازی کارت های هوشمند، بهترین روش جهت پیاده سازی امنیت در کارت هوشمند حمل ونقل وکارت شهروندی شیراز ارائه می گردد.