بخش اول: هر چند که الگوریتمrafa برای مطالعه ی تعادلات تفکیک اسیدهای چند پروتونه قابل استفاده نیست ولی در این مطالعه از الگوریتمtrafa به عنوان یک الگوریتم کارآمد کمومتریکس استفاده شده است برای تعیین pka های تتراسایکلین هیدروکلراید که دارای 4، pka است در مخلوط حلال های استونیتریل/آب و متانول/آب با استفاده از تیتراسیون های اسید-باز اسپکتروفتومتری در دمای (25.0±0.1) ?c و قدرت یونی ثابتi=0.10 m. برای محاسبه pka تتراسایکلین هیدروکلراید با استفاده از این الگوریتم داده های طیفی را بر اساس ph آنها به دو قسمت تقسیم کردیم که هر قسمت در بر گیرنده دو pka بود و الگوریتمtrafa را دو بار به اجرا درآوردیم. اعتبار مقادیر به دست آمده برای pka ها توسط الگوریتم های مشهور کمومتریکس مانند datan, equspec, specfit/32, squad چک شد. تاثیر تغییر ترکیب حلال برروی pka های این ترکیب به کمک solvatochromic پارامتر ها بررسی شده است. بخش دوم: تشکیل کمپلکس پیروکسیکام که یک داروی ضد التهاب است با برخی از فلزات واسطه مانند co(ii), ni(ii) cu(ii), zn(ii) در مخلوط حلال های متانول/آب در دمای 25.0?c و ph=5 مطالعه شده است. الگوریتم squad برای این منظور استفاده شده است. ترتیب ثابت های پایداری به دست آمده برای کمپلکس شدن پیروکسیکام با فلزات ذکر شده به صورت cu(ii) > co(ii) > ni(ii) ? zn(ii) است که این روند ممکن است به خاطر ساختار کمپلکس های پیروکسیکام با این فلزات باشد. ثابت ای اسیدی پیروکسیکام هم با استفاده از الگوریتم های datan, specfit/32 تعیین شده است. تاثیر پارامترهای مختلف مانند ماهیت حلال، خصوصیات کاتیون ها و... بر روی ثابت های اسیدی و پایداری این دارو بررسی شده است.

در بخش اول بر روی کاربردهای کمومتریکس و روش های محاسباتی در توسعه ی سنسور ها و بیو سنسور های کارآمد تمرکز شده است که هدف اصلی این بخش آزمودن قابلیت های کمومتریکس و روش های محاسباتی در الکتروشیمی تجزیه ای بوده است. در این بخش از روش های پردازش تصویر برای توصعه ی یک بیوسنسور کارآمد برای بیوتین استفاده شده است که چنین روشی برای اولین بار در دنیای الکتروشیمی برای ساخت یک بیوسنسورمورد استفاده قرار گرفت. همچنین در این بخش تولید داده های دو بعدی، سه بعدی وچهار بعدی ولتامتری را برای بهره گیری مزیت مرتبه یک و مزیت مرتبه دو به منظور اندازه گیری آنالیت ها در محیط هایی که مملو از مزاحم هستند گزارش شده اند. در برخی از موارد وضعیت غیر خطی بودن داده های ولتامتری با استفاده از روش های کارآمد کمومتریکس اصلاح شده است. در این بخش نیز با استفاده از طراحی آزمایش موفق به ساخت یک سنسور برای نیتریت شدیم و آن را با موفقیت برای اندازه گیری نیتریت در نمونه های حقیقی به کار بردیم. علاوه بر موارد فوق در بخش اول ساخت سه بیوسنسور که همگی به طور محاسباتی برای اندازه گیری امپدانسومتری برخی از داروها همانند بوپرنورفین، پرگابالین و نالترکسون طراحی شده بودند گزارش شده است. در این بخش یک بیوسنسور هم برای ارزیابی تخریب دی.ان.ای توسط یک آلوده کننده محیطی به نام بنزوپایرن گزارش شده است. در کل این بخش از پایان نامه حاوی کارهای بسیار جدیدی می باشد که در نوع خود بی نظیر می باشند. دربخش دوم از پایان نامه بر روی کاربرد کمومتریکس برای تحلیل داده های به دست آمده از برهمکنش ملکول های کوچک با درشت ملکول های زیستی همانند پروتئین پلاسما و دی.ان.ای متمرکز می شود.این نمونه ها با تکنیک های دستگاهی مختلف مانند فلورسانس، طیف سنجی ماوراء بنفش و ولتامتری آنالیز شده اند. نتایج به دست آمده توسط روش های کمومتریکس حاکی از اطلاعات مهمی بودند که توسط روش های معمولی قابل حصول نبودند. در برخی از موارد از مطالعات انجام شده روی برهمکنش های زیستی مفاهیم کمی استهصال شده اند. موضوعات دیگری که تحت بررسی قرار گرفتند شامل محل اتصال، نوع اتصال، رقابت ملکول های کوچک برای اتصال، ترمودینامیک اتصال و باز شدن یا باز نشدن ساختار درشت ملکول ها در اثر اتصال ملکول های کوچک می باشد.