امروزه نشانگرهای مولکولی مختلفی به وفور در انسان، گیاه، حیوان و ریزسازواره ها به منظور مطالعات پایه ای و یا کاربردی مورد استفاده قرار می گیرند. از کاربردهای مهم نشانگرهای مولکولی می توان به استفاده گسترده در انگشت نگاری، اینترگرسیون آلل ها وانتخاب صفات مفید و تهیه نقشه های ژنتیکی در برنامه های به نژادی محصولات اشاره کرد. نقشه های ژنتیکی با پوشش بالای ژنوم نقش بسزایی در تحقیقات پایه و کاربردی ژنتیک ایفا می کنند و از جمله کاربردهای نقشه های ژنتیکی می توان به مکان یابی ژن های مورد نظر، تسهیل در اصلاح گیاهان به کمک نشانگر، تهیه نقشه ها بر اساس کلون وتعیین مکان ژن های کنترل کننده صفات کمی اشاره نمود. پیشرفت های بسیاری در زمینه تهیه نقشه های ژنتیکی بویژه در محصولاتی مثل برنج، ذرت ،سورگوم و گندم وجود دارد ولی در گلرنگ که محصول نواحی خشک است مطالعه زیادی انجام نشده است. پژوهش حاضر به منظور تهیه نقشه پیوستگی ژنتیکی گلرنگ زراعیcarthamus tinctorius l. با استفاده از نشانگر مولکولیrapd انجام شد. این تحقیق می تواند آغازی در زمینه تهیه نقشه ژنتیکی گلرنگ باشد. نشانگرrapd از تکثیر بالایی برخوردار می باشد و نیاز به اطلاعات اولیه در مورد ردیفdna ژنوم برای طراحی و ساخت آغازگر ندارد. جمعیت f2 که در این مطالعه استفاده شد شامل 117 گیاه از نتاج حاصل از تلاقی بین گونه ای گلرنگ زراعی با نام c111 و یک ژنوتیپ وحشی از گونه c. oxyacanthus به نام isf2 بود. در این پژوهش dna هرکدام از گیاهان f2 و والدین به روش ctab استخراج شد و در واکنشpcr به منظور تکثیر باندهای چند شکل مورد استفاده قرار گرفت. از کل 91 آغازگر rapd آزمایش شده در این تحقیق، 16 آغازگر در بین والدین پلی مورف نشان دادند و برای انجام pcr در بین117 نتاجf2 استفاده شدند. این 16 آغازگر 81 نشانگر تکثیر کردند که 32 (5/39%) نشانگر انحراف از تفرق 3:1 را نشان دادند و مابقی نشانگرها (49 نشانگر) با استفاده از نرم افزار mapmaker/exp ver 3.3 با معیار حداکثر فاصله 50 سانتی مورگان و حداقل lod برابر 3 به 6 گروه لینکاژی به طول cm 5/1225 شامل 39 نشانگر پیوسته و 10 نشانگر ناپیوسته تفکیک شدند.گروه های پیوستگی 1، 2 و 3 دارای بیشترین تعداد نشانگر بودند در حالی که بقیه گروه های پیوستگی تعداد نشانگر کمتری داشتند. بیشترین تعداد نشانگر موجود در گروه های پیوستگی 19 نشانگر بود که در گروه یک قرار گرفتند. علت تجمع تعداد زیادی نشانگر در این گروه ممکن است در نتیجه تمایل تجمع خوشه-ای نشانگرrapd در نواحی خاصی همانند نواحی هتروکروماتینی اطراف سانترومر و نواحی تلومری باشد. نتیجه تجزیه تکمیلی داده ها به همراه نشانگرهای مورفولوژیک و est-ssr نیز شش گروه پیوستگی ایجاد کرد. این مجموعه شامل 41 نشانگر (5/58 درصد) پیوسته و 29 نشانگر (4/41 درصد) ناپیوسته به طول 9/1351 سانتی مورگان از کل ژنوم بود. در نهایت نمای کروموزومی گروه های پیوستگی با استفاده از نرم افزار mapdraw ver 2.2 ترسیم شد