در این کار، فرض بر این بود که گاز خردل سبب بروز تغییراتی در پروتئوم سلول های اپی تلیوم قرنیه چشم جانبازان شیمیایی می شود که پس از گذشت یک دوره نهفته سبب بروز عوارض دیررس در چشم این افراد می شود. از این رو بررسی پروتئوم مقایسه ای سلول های اپی تلیوم قرنیه ی چشم جانبازان شیمیایی با افراد سالم به منظور یافتن تغییرات احتمالی در پروتئوم سلول های اپی تلیوم قرنیه چشم انجام شد. بدین منظور دو روش برای آماده سازی نمونه جهت تهیه ژل دو بعدی از پروتئوم اپی تلیوم قرنیه چشم آزموده شد؛ 1) روش مستقیم و 2) روش رسوب دهی. در روش اول از ترکیبات مختلفی در بافر های لیز و باز آب دهی جهت دستیابی به ژلی با حد اکثر نقاط و بهترین کیفیت ممکن استفاده شد. در روش دوم، از رسوب دهنده های متفاوتی جهت رسوب مخلوط پروتئینی استفاده شد. در انتها به کمک روش رسوب دهی acetone/tcaبا میزانtca20%ژلی با حداقل رگه های افقی و عمودی و حداکثر نقاط پروتئینی برای نمونه های آزمون به دست آمد. بنا براین همین شرایط آماده سازی نمونه برای نمونه های اپی تلیوم قرنیه جانبازان شیمیایی مورد استفاده قرار گرفت و ژل حاصل از کیفیت خوبی بر خوردار بود که جهت آنالیز مقایسه ای پروتئوم اپی تلیوم جانبازان شیمیایی و اپی تلیوم افراد سالم به منظور شناسایی پروتئین یا پروتئین های مسئول بروز عوارض تأخیری در چشم جانبازان شیمیایی مورد استفاده قرار خواهد گرفت.