بیماری پوسیدگی ریشه و طوقه یکی از بیماری های مهم گیاهان کلزا و ذرت به شمار می آید. عوامل بیماریزای متعددی از جمله سیلندروکارپن، در مراحل مختلف رشدی گیاه به آن ها حمله نموده و باعث خسارات قابل توجهی به این محصولات با ارزش می شوند. به منظور شناسایی و مطالعه سیلندروکارپن های همراه کلزا و ذرت در استان خوزستان در طی سال زراعی 1385-1386، از مزارع اندیمشک، دزفول، شوشتر، ملاثانی، شوش و ایذه نمونه برداری به عمل آمد. جدایه های سیلندروکارپن بر حسب خصوصیات ریخت شناسی و بیماریزایی دسته بندی شدند. تنوع ژنتیکی جدایه های نماینده با استفاده از its-rdna مطالعه شد. در این بررسی 207 جدایه سیلندروکارپن خالص سازی و شناسایی گردید. جهت شناسایی جدایه ها محیط های برگ میخک-آگار(cla)، سیب زمینی دکستروز آگار(pda)، و آب آگار(wa) مورد استفاده قرار گرفت. پس از بررسی تاکسونومیکی جدایه ها که با استفاده از کلید معتبر و مقالات جدید انجام گرفت، 5 گونه از جنس سیلندروکارپن شناسایی شد که به ترتیب فراوانی شامل c. destructans، 96 جدایه، c. didymum، 69 جدایه، c. hederae، 25 جدایه، c. obtusisporum، 14 جدایه و c. macrodidymum، 3 جدایه بودند. گونه c. destructans به عنوان گونه غالب شناسایی گردید. همه گونه های مذکور برای اولین بار در ایران و جهان گزارش می شوند. میزان رشد جدایه ها در هشت دما از 5 درجه سانتی گراد تا 40 درجه سانتی گراد مورد مطالعه قرار گرفت. دمای 25 درجه سانتی گراد به عنوان بهینه رشد جدایه ها در این آزمایش مشخص گردید. در این بررسی اثرph بر میزان رشد توده میسلیومی گونه های مختلف قارچ سیلندروکارپن مورد بررسی قرار گرفت. توده میسلیومی گونه های مختلف در 5=ph بیشترین میزان رشد را داشتند. تنوع بیماریزایی جدایه ها روی چهار گیاه کلزا، ذرت، تربچه و هویج هم در گلخانه در گلدان و هم در آزمایشگاه در تشتک های پتری مورد مطالعه قرار گرفت. نتایج حاصل از آزمون های بیماریزایی حاکی از بیماریزا بودن جدایه های مورد استفاده بود. بررسی تنوع بیماریزایی جدایه های سیلندروکارپن بیانگر وجود تنوع بالایی در بیماریزایی جدایه ها بود. از میان چار میزبا هویج به عنوان مقاوم ترین و تربچه به عنوان حساس ترین میزبان شناخته گردید. به منظور مطالعه ی کنترل بیولوژیک گونه های مذکور، عوامل آنتاگونیست از منابع قابل دسترس تهیه گردیدند. نتایج آزمایش نشان داد که جدایه های تریکودرما نه تنها نمی توانند مانع از رشد قارچ سیلندروکارپن گردند. بلکه با تماس ریسه های هر دو قارچ، ریسه های سیلندروکارپن مانع از رشد ریسه های تریکودرما شدند. تمام جدایه های تریکودرما به سمت قارچ سیلندروکارپن رشد کردند اما رشد آن ها در محل تماس با ریسه های قارچ سیلندروکارپن متوقف گردید. بعد از برخورد ریسه های هر دو قارچ، جدایه های تریکودرما توانایی ادامه رشد و پیشروی، اسپورزایی و کلنیزاسیون بر روی ریسه های سیلندروکارپن را نداشتند. در محل تماس تمام جدایه های تریکودرما با ریسه های سیلندروکارپن یک هاله زرد رنگ مشاهده گردید که احتمالاً این هاله زرد رنگ ناشی از توکسین تولیدی توسط قارچ سیلندروکارپن می باشد. در این تحقیق از جفت آغازگرهای its4 & its5 جهت مطالعه تنوع ژنتیکی جدایه های سیلندروکارپن استفاده شد. محصول تکثیر شده از dna جدایه های سیلندروکارپن با استفاده از آغازگرهای فوق روی ژل آگارز 1 درصد متشکل از یک قطعه dna با اندازه تقریباً یکسان برای کلیه جدایه ها به وزن تقریب 500-560 جفت باز بود. گروه بندی گونه های سیلندروکارپن با استفاده از توالی its مناطق ریبوزومی مصابق با طبقه بندی بر اساس خصوصیات مرفولوژیکی ارائه شده توسط بوث می باشد. این مطلب قویاً موید این نکته است که تعیین توالی its مناطق ریبوزومی یک ابزار مفید و کار آمد در ارزیابی رابطه فیلوژنتیکی گونه های جنس سیلندروکارپن می باشد.