شبیه سازی های دینامیک مولکولی کلاسیکی برای بررسی اثر جذب مولکولهای گازی (co, h2) در فشارها و دماهای مختلف بر شکل و ساختار یک نانوخوشه 256 اتمی مس جذب شده بر یک سوبسترای گرافیت مورد استفاده قرار گرفت. پتانسیل چندجسمی ساتن ـ چن برای مدلسازی برهمکنش cu–cu به کار گرفته شد و برای سایر برهمکنشها از پتانسیل لنارد ـ جونز استفاده شد. منحنی های گرم کردن و سرد کردن بین k 200 و k 1800 برای تعیین تبدیلات جامد ـ جامد و جامد ـ مایع به کار رفت و تغییرات ساختاری از طریق تحلیل پروفایل های دانسیته و پارامترهای ترتیب جهتگیری پیوند تعیین شد. جذب گاز بر خوشه فلزی به صورت تابعی از فشار در دمای ثابت بررسی شد و تحول ساختار (نانوخوشه) ضمن افزایش فشار و سپس کاهش تدریجی فاز گازی بررسی شد. مشخص شد که فاز گازی، ساختار مربوط به خلأ نانوخوشه را تغییر می دهد و بیشتر تغییرات در مقیاس زمانی شبیه سازی های انجام شده برگشت ناپذیر است.