یکی از چالش های عمده در صنعت بیوتکنولوژی، تخلیص پروتئین های مطلوب از تنوع گسترده ای بیومولکول در سوسپانسیون تخمیری است. هدف از این تحقیق جداسازی بتاگالاکتوزیداز با استفاده از سیستم های دوفازی آبی می باشد. سیستم دوفازی آبی به عنوان تکنیک ارزشمندی برای جداسازی و تخلیص مخلوطی از بیومولکول ها به اثبات رسیده است. رفتار جداسازی بتاگالاکتوزیداز (تولید شده از آسپرژیلوس نیجر) در سیستم های دو فازی آبی متشکل از پلی اتیلن گلایکول و یک نمک (دی آمونیوم هیدروژن فسفات یا دی پتاسیم هیدروژن فسفات) بررسی شد. نتایج نشان داد که افزایش وزن مولکولی پلیمر منجر به کاهش بازده، ضریب گزینش پذیری و ضریب جداسازی بتاگالاکتوزیداز گردید. سیستم متشکل از پلی اتیلن گلایکول با وزن مولکولی 2000 و نمک دی آمونیوم هیدروژن فسفات برای جداسازی بتاگالاکتوزیداز از سوسپانسیون تخمیری آسپرژیلوس نیجر ptcc 1050 مناسب می باشد. در ادامه از طراحی فول فاکتوریل برای بررسی سه متغیر مستقل ( نسبت جرمی نمک به پلیمر، میزان سوسپانسیون تخمیری اضافه شده و ph سیستم ) در جداسازی بتاگالاکتوزیداز استفاده شد. از بین سیستم های مطالعه شده گوناگون، سیستم با 24 درصد وزنی پلی اتیلن گلایکول با وزن مولکولی 2000 و 12 درصد وزنی نمک دی آمونیوم هیدروژن فسفات با 5 درصد وزنی سوسپانسیون آنزیمی اضافه شده در 7=ph، بهترین نتایج را با درجه خلوص برابر با 7181/13 نشان داد.