با توجه به اینکه در مطالعه کیفی هر رودخانه شناسایی منابع آلاینده و تأثیرگذار و عوامل پالاینده طبیعی و غیرطبیعی به عنوان اساس مطالعات در نظر گرفته می شود، در این تحقیق به مطالعه و بررسی منابع آلاینده رودخانه سیمینه رود و مدل سازی آن پرداخته خواهد شد. در این راستا پس از مطالعه فیزیوگرافی زیرحوضه و مطالعات اولیه مانند مطالعات هیدرولوژی، زمین شناسی، بیولوژیکی و... در زیرحوضه رودخانه مورد بررسی، اقدام به پایش کمی و کیفی زیرحوضه، تعیین ایستگاه های معرف پایش کیفی و تخمین اولیه آلاینده های شاخص و منابع عمده آلودگی به روش غربالگری می شود. در ابتدا با استفاده از روش های آماری و اطلاعات بلند مدت موجود وضعیت ایستگاه های موجود نمونه برداری کیفی و تناوب آنها مورد ارزیابی قرار گرفته است. در ادامه با اضافه کردن ایستگاه های نمونه برداری مطالعات دوره کوتاه مدت، در هر دوره بازدید و نمونه برداری بازه های دارای پتانسیل آلودگی را برای برداشت دقیق تر در دوره های بعدی شناسایی نموده و در آنالیز کیفی دوره های بعدی، فرضیه های صادر شده مبنی بر وجود منبع آلاینده در بازه مورد مطالعه تأیید می شود. به طور کلی نیز نتایج این آزمایش ها در قالب تحلیل های مکانی و زمانی با نتایج آزمایش ها و اندازه گیری های دوره های زمانی بلند مدت وزارت نیرو تا حد امکان مقایسه شده و تغییرات زمانی و مکانی آنها در سامانه اطلاعات جغرافیایی با مطالعات کاربری اراضی (جنس خاک، نوع کاربری، منابع آلاینده نقطه ای و غیرنقطه ای و...) تطبیق و همپوشانی داده شده و نتایج آن منجر به تعیین منابع آلاینده نقطه ای و غیرنقطه ای در زیرحوضه رودخانه مورد نظر و نقش هریک در آلودگی رودخانه می شود. پارامترهای کیفی مورد سنجش در این مطالعه شامل پارامترهای nsf، cod، فلزات سنگین در آب و رسوب می باشند. نتایج در رودخانه مورد مطالعه حاکی از وجود منابع آلاینده نقطه ای شهری به عنوان مهمترین و اصلی ترین منابع آلاینده در سیمینه رود می باشد. ورود مستقیم پساب های تصفیه خانه و فاضلاب شهری شهر بوکان شرایط کیفی رودخانه را در آن محدوده بحرانی نموده است. البته از آنجایی که بیشینه های پارامترهای شاخص آلودگی در طول مسیر رودخانه معمولا با روند کاهشی مواجه می شوند، در مجموع رودخانه دارای توان خودپالایی مناسب می باشد ولی در مقابل شوک های آلی منابع گسترده با توجه به سنجش نمونه برداری پاییز که متناظر با کشتار دام عید سعید قربان در کلیه اجتماعات انسانی محدوده حوضه رودخانه سیمینه رود بوده است، دارای مقاومت و سازگاری کمتری می باشد. در ادامه جهت برآورد میزان کمی آلاینده ها، نقش و پتانسیل خودپالایی رودخانه، میزان و مقدار انتقال آلاینده نتایج فوق در قالب یک مدل کیفی رودخانه مورد تحلیل قرار گرفته و پیشنهادات اولیه با توجه به مشکلات و نیازهای موجود ارائه شده است.