باکتری مایکوباکتریوم آویوم پاراتوبرکلوزیس به عنوان عامل بیماری یون شناخته می شود و همچنین ممکن است در شیوع بیماری کرون در انسان نقش داشته باشد. خسارات اقتصادی سنگین حاصل از این بیماری، موجب پیشرفت سنجش های سریع، حساس و خاصی برای شناسایی حیوانات آلوده گردیده است، که برای طرح ریزی راهبرد های منطقی در کنترل گسترش پاراتوبرکلوزیس ضروری می باشد. ژنوم این باکتری از حدود 5 میلیون جفت باز در یک کروموزوم حلقوی با بیش از 4500 ژن تشکیل شده است و طول متوسط هر ژن در آن 1015 جفت باز می باشد. ژن های بیماریزای مرتبط با این باکتری شامل hspx، f57 و is900 هستند که ما در این تحقیق از توالی درون جایگیر is900برای شناسایی پاراتوبرکلوزیس استفاده کردیم. هدف از این مطالعه، توسعه ی تکنیک pcr real-time برای تعیین کمیت باکتری پاراتوبرکلوزیس در نمونه های مدفوع گاوی بود. نمونه های مدفوع از 40 گاو موجود در 2 گله ی گاوهای شیری تجاری و در موقعیت های متفاوت ایران جمع آوری شدند. قطعه ی 400 جفت بازی با استفاده از آغازگرهای p90 و p91 مخصوص جایگاه ژنی is900 از طریق واکنش زنجیره ای پلیمراز به منظور تشخیص پاراتوبرکلوزیس در نمونه های مدفوع تکثیر شد. 10 نمونه مدفوع توسط واکنش زنجیره ای پلیمراز مثبت نشان داده شد. قطعه ی 400 جفت بازی تکثیر شده از جایگاه ژنی is900 در داخل ناقل ptz57r/t همسان سازی شد. پلاسمید نوترکیب، استخراج شد و به عنوان dna استاندارد مورد استفاده قرار گرفت. نتایج با استفاده از منحنی استاندارد حاصل از پلاسمید حاوی is900 (98=% (r2 تعیین کمیت شدند. توانایی کمی سازی در این آزمایش در دامنه ی گسترده ی خطی ( 50 تا 5×105 کپی ) برای ارزیابی تعداد کپی های قطعه ی هدف از پاراتوبرکلوزیس در نمونه های مثبت مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج نشان می-دهد که روش real-time pcr می تواند به عنوان روش جایگزین برای تشخیص سریع تر پاراتوبرکلوزیس معرفی شود. کاربرد سودمند این سنجش، توانایی کمیت سنجی دقیق و سریع تعداد سلول های پاراتوبرکلوزیس در نمونه های ناشناخته می باشد.