برنج یکی از مهم ترین محصولات غذایی زراعی در جهان، به ویژه در کشورهای آسیایی است و شوری یک محدودیت عمده در توسعه کشت برنج است. بهبود بخشیدن به تحمل به شوری در برنج از نظر ژنتیکی، یک مسئله بسیار مهم در برنامه های تولید برنج است. وراثت صفاتی مثل تحمل به شوری، به صورت کمی است. از اینرو نقشه یابی qtlها از طریق مارکر های مولکولی، می تواند برای تولیدکننده های گیاهی در زمینه ژنومیک کشاورزی، بسیار سودمند باشد. در این پژوهش، آنالیز qtlهای صفات مرتبط با تحمل به شوری، با استفاده از جمعیت f8 برنج حاصل از تلاقی واریته ندا و واریته اهلمی طارم انجام شد. نقشه پیوستگی مبتنی بر 96 فرد f8 با استفاده از 30 مارکر ssr و 15 مارکر issr تهیه شد که3/1411 سانتی مورگان از ژنوم برنج را پوشش داد. میانگین فاصله بین دو نشانگر مجاور 34/15 سانتی مورگان بود. در مجموع، 15 qtl برای 17صفت، تحت شرایط تنش، ردیابی شد. برای هریک از صفات طول و مساحت برگ پرچم، وزن خشک ریشه و اندام هوایی، دو qtl و برای هریک از صفات امتیاز ارقام، وزن تر ریشه، تعداد ریشه، طول اندام هوایی، محتوای نشاسته، کلروفیل پس از تنش و فنل نیز، یک qtl، شناسایی شد. qtlهای qrn-7، qshdw-5 و qpho-7 توانستند به ترتیب،3/15، 2/14 و 2/15 در صد از تنوع فنوتیپی صفات تعداد ریشه، وزن خشک اندام هوایی و میزان فنل را توجیه کنند. شاید بتوان از نشانگر rm248 روی کروموزوم 7 به عنوان نشانگر پیوسته با صفات تعداد ریشه و میزان فنل و نشانگر issr1-3 روی کروموزوم 5 به عنوان نشانگر پیوسته با صفت وزن خشک اندام هوایی، جهت انتخاب به کمک نشانگر در برنامه های به نژادی استفاده کرد.