به منظور مطالعه و ارزیابی تنوع ژنتیکی در بین 20 رقم کلزا، از 9 آغازگر issr استفاده گردید. از بین این آغازگرها، 8 آغازگر issr بیشترین چندشکلی را ایجاد نمودند. 9 آغازگر issr در مجموع 99 باند تولید کردند که 79 تای آن چند شکلی نشان دادند. در این مطالعه متوسط تعداد باند به ازای هر آغازگر و برای هر رقم، به ترتیب، 11 و 95/4 بود. تعداد باند چندشکل از 0 تا 14 باند متغیر بود. متوسط تعداد باند چند شکل به ازای هر آغازگر و هر رقم، به ترتیب، 77/8 و 95/3 عدد برآورد شد. بیشترین محتوای اطلاعات چندشکلی (pic) مربوط به آغازگر mm6 (78/0) بود. همچنین آغازگر hb10 بیشترین مقدار شاخص نشانگر (mi) (47/10) را به خود اختصاص داد. نمودار درختی حاصل از تجزیه خوشه ای با نرم افزار ntsys به روش upgma و ضریب تشابه تطابق ساده رسم و رقم ها در شش گروه قرار گرفتند. همچنین نمودار دو بعدی با استفاده از روش تجزیه به مختصات اصلی (pcoa) ترسیم و نتایج حاصل از گروه بندی آن با روش تجزیه خوشه ای مقایسه شد. گروه بندی دو روش تطابق زیادی با یکدیگر داشتند. تطابق بین دندوگرام و نمودار تجزیه به مختصات اصلی در این تحقیق حاکی از وجود تنوع در ژرم پلاسمی مورد مطالعه بود. بیشترین تشابه ژنتیکی بین دو رقم elite و rinbow مشاهده شد. همچنین دو رقم بهاره 110 hysyn و delgan ، از نظر ژنتیکی فاصله زیادی با هم داشتند. از این ارقام می توان در برنامه های اصلاحی به عنوان والدین تلاقی با هتروزیس بالا استفاده کرد. تنوع ژنتیکی از الگوی جغرافیایی تبعیت نمی کرد. تولید تعداد باند زیاد (99) و میزان چندشکلی بالا (میانگین 79 درصد) در رقم های مورد مطالعه، نشان دهنده کارایی بالای نشانگر issr جهت گروه بندی ارقام مختلف کلزا بود. در این تحقیق، آغازگرهای hb10، mm6 و hb14 دارای بیشترین محتوای اطلاعات چندشکلی و شاخص نشانگر بودند و علاوه بر آن چندشکلی بسیار بالایی (100 درصد) نشان دادند. بنابراین به عنوان آغازگرهای مفید و کارآمد در این پژوهش معرفی شدند. نتایج این تحقیق حاکی از قابل اطمینان بودن نشانگر issr برای آشکارسازی سطح بالایی از چندشکلی در بین رقم های کلزا بود. به منظور بررسی بیشتر در مورد تنوع ژنتیکی بین ارقام کلزا، پیشنهاد گردید تا در برنامه های آتی از رقم های متنوع و نیز اطلاعات مورفولوژیک استفاده گردد.