به منظور تعیین برخی خصوصیات مولکولی جدایه ایرانی ویروس موزائیک چغندرقند، در بهار سال 1393 تعداد 42 نمونه برگی چغندرقند از مزارع تحقیقاتی موسسه بذر چغندرقند واقع در استان البرز جمع آوری شد. در ابتدا وجود ویروس btmv در نمونه های برگی جمع آوری شده با استفاده از آزمون الایزا تأیید گردید. نتایج نشان داد که از میان 42 نمونه جمع آوری شده، 12 نمونه به این ویروس آلوده بودند. در این تحقیق، نواحی ژنومی دربرگیرنده ژن های p1، 6k2، vpg، nia، nib و cp به کمک واکنش زنجیره ای پلی مراز تکثیر گردید. سپس محصولات pcr در داخل ناقل پلاسمیدی ptz57r/t همسانه سازی و با استفاده از آغازگرهای m13 توالی یابی شدند. شباهت ژن پروتئین پوششی جدایه ایرانی btmv-md با سایر جدایه های btmv موجود از 4/99-6/92 % در سطح نوکلئوتیدی و از 6/99-5/97 % در سطح آمینواسیدی متغیر بود. بیشترین شباهت ژن پروتئین پوششی جدایه btmv-md در سطح نوکلئوتیدی با جدایه های btmv-ir1 و btmv-ren1 از ایران و اسلواکی و به ترتیب به میزان 4/99 % و 8/97 % و کمترین شباهت ژن مذکور در سطح نوکلئوتیدی با جدایه آمریکایی btmv-wa و به میزان 6/92 % بود. درخت فیلوژنتیکی رسم شده با روش neighbor joining بر مبنای ژن پروتئین پوششی در سطح نوکلئوتیدی دارای دو گروه اصلی بود. همه جدایه های btmv که از اوراسیا (انگلستان، اسلواکی، آلمان و چین) گزارش شده اند به همراه تمام جدایه های ایرانی این ویروس در گروه اول و جدایه های آمریکایی موقعیت مجزایی را تشکیل داده و در گروه دوم قرار گرفتند. این مطالعه برای اولین بار بر روی بررسی خصوصیات ژنومی ویروس موزائیک چغندرقند در ایران متمرکز شده است.