پروتئ?ن ها به عنوان واحد های اصلی فرآ?ند های ز?ستی ، از اهم?ت خاصی برخوردار هستند. ا?ن کارخانه های ز?ستی کوچک در فرآ?ند ها?ی همچون رشد و تقس?م سلول ها ، تکث?ر dna و تسر?ع واکنش های ز?ستی نقش اساسی دارند. از آنجا?ی که ا?ن واحد های ز?ستی به صورت گروهی فعال?ت می کنند و عملکرد های متفاوتی در گروه های مختلف از خود نشان می دهند ، شناخت آن ها وابسته به شناخت گروه های کوچک ?ا بزرگ پروتئ?نی حاوی آن ها می باشد. نکته قابل توجه در ا?ن باب وجود هزاران پروتئ?ن گوناگون می باشد که هر کدام توانا?ی تعامل با پروتئ?ن های د?گر را دارند. به ا?ن ترت?ب مشکل بزرگ پ?ش رو ، تشخ?ص گروه های پروتئ?نی اصلی از م?ان م?ل?ون ها گروه پ?شنهادی می باشد. از م?ان روش های متعددی که برای رس?دن به ا?ن مهم معرفی گرد?ده اند ، روش های مبتنی بر تجز?ه و تحل?ل شبکه های تعاملی پروتئ?ن-پروتئ?نی ، از جا?گاه و?ژه ای برخوردار هستند. ا?ن روش ها که به عنوان پا?ه اصلی بس?اری از روش های د?گر به حساب می آ?ند ، سعی می کنند از طرق مختلف ، گروه های پروتئ?نی اصلی را از شبکه های تعاملی پروتئ?ن-پروتئ?نی استخراج کنند. به ا?ن دل?ل که ا?ن شبکه ها را می توان به صورت ?ک گراف بس?ار بزرگ مدل کرد ، ا?ن توانا?ی وجود دارد تا مسئله اصلی به مسئله خوشه بندی گراف ها در علوم کامپ?وتر تقل?ل پ?دا کند. وجود نو?ز بس?ار در چن?ن گراف ها?ی و ناقص بودن داده های اول?ه برای تشک?ل ا?ن گراف ها ، سبب ت?ش های بس?ار و معرفی روش های مختلفی برای فا?ق آمدن به چن?ن مشک?تی شده است. متاسفانه بس?اری از ا?ن روش ها محدود?ت های بس?ار ز?ادی دارند که برای استفاده از شبکه های تعاملی پروتئ?ن-پروتئ?نی مناسب ن?ستند. بعضی از آن ها تنها برای گراف های بدون وزن طراحی شده اند و برخی د?گر هر پروتئ?ن را تنها به ?ک گروه اختصاص می دهند ؛ درحالی که شبکه های تعاملی پروتئ?ن-پروتئ?نی به صورت گراف های وزن دار مدل می شوند و ثابت شده است که بس?اری از پروتئ?ن ها به ب?شتر از ?ک گروه اصلی متعلق هستند. در ا?ن تحق?ق ما با معرفی ?ک روش جد?د چهار بخشی مبتنی بر حذف هاب ها توانست?م مقدار قابل توجهی از نو?ز موجود در شبکه را کاهش ده?م و به ا?ن ترت?ب گروه های پروتئ?نی را با دقت ب?شتری روی مجموعه داده های مختلف تشخ?ص ده?م.