رفتار و پایداری ساختارهای دیمر و نانولوله ی پپتیدی )متشکل از پپتید حلقوی حاوی هشت آمینواسید( در حلال های آب و کلروفرم با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی و محسبات کوانتومی مورد بررسی قرار گرفته است. نتایج به دست آمده نشان می دهد که تمامی ساختارها در حلال کلروفرم دارای پایداری بیشتری نسبت به حلال آب از خود نشان می دهند. علاوه بر آن بررسی اثر استخلاف نشان داد گروه متیل باعث افزایش پایداری ساختار دیمر نسبت به ساختار فاقد استخلاف می شود. همچنین بررسی اثر استخلاف لیپیدی بر روی دیمرها و نانولوله ی پپتیدی نشان می دهد که این استخلاف به مقدار قابل توجهی پایداری تمام ساختارها را افزایش می دهد. به نحوی که نتایج حاصل از بررسی رفتار نانولوله ی حاوی استخلاف در غشای دولایه نشان می دهد که این ساختار توانایی بسیار مناسبی جهت کاربری به عنوان کانال مولکولی در غشای دولایه را دارد. نتایج حاصل از بررسی اوربیتال های homo و lumo نشان می دهد که در ساختارهای دیمر متشکل از پپتید حلقوی حاوی هشت آمینواسید عامل تشکیل دیمر برهمکنش های اوربیتالی بین گروه های nh و co است. در این پایان نامه توانایی پپتیدهای حلقوی متشکل از چهار آمینواسید جهت تشکیل کمپلکس های انتخابی با کاتیون فلزات قلیایی خاکی را با استفاده از محاسبات مکانیک کوانتومی و شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد مطالعه و بررسی قرار داده ایم. محاسبات در فاز گاز و آب انجام شده است و نتایج به دست آمده نشان داد که کمپلکس های تشکیل شده در فاز گازی نسبت به آب پایدارتر است. همچنین نتایج بررسی ها نشان داد که پپتیدهای مورد مطالعه می توانند با کاتیون بریلیم در حضور سایر کاتیون ها کمپلکس انتخابی تشکیل دهند. از طرفی پپتید حلقوی حاوی آمینواسید آلانین، کمپلکس های پایدارتری نسبت به پپتیدهای حلقوی حاوی آمینواسیدهای والین و گلاسین تشکیل می دهد. آنالیز اوربیتال پیوند طبیعی، شبیه سازی دینامیک مولکولی و مطالعات اتم‎ ها در مولکول ها نشان می دهد که عامل تشکیل کمپلکس برهمکنش های الکتروستاتیک بین کاتیون ها و پپتیدهای حلقوی می باشد.