در زمان امامین صادقین(ع) فرق و مذاهب مختلفی در ابعاد درون دینی و برون دینی فعالیت داشته اند. مذاهبی مانند فرقه های فقهی و کلامی اهل سنت، کیسانیه، مرجئه، غلات، خوارج و ... و نیز اندیشه هایی مانند دهریون، التقاطی ها و... . رفتار این دو امام بزرگوار در برخورد با ایشان با ظرافت ها و پیچیدگی های خاصی همراه بوده است. ایشان هم باید برای ایجاد و حفظ وحدت میان مذاهب اسلامی تلاش می کردند و هم سعی در اقناع یا ابطال ایشان می نمودند. همت ائمه(ع) بر تقویت مبانی و تفکرات شیعیان و جلوگیری از گمراهی مردم توسط فرق و مذاهب دیگر بوده است. شرایط نامساعد اجتماعی و سیاسی ائمه(ع) بر سختی این مسیر افزوده است. اگرچه هدف اصلی این تحقیق مذاهب درون دینی است اما نمی توان از تأثیرات فرقه ها و اندیشه های برون دینی در آن دوره چشم پوشی نمود. در این پژوهش برآنیم تا اصول و روش های علمی و عملی باقرین(ع) در برخورد با این فرقه های و مذاهب را بررسی نماییم. اصول و روشهای برخورد و سازکارهای تعامل با فرقه ها نیز بررسی خواهد شد.