آبسنگ های مرجانی یکی از مهمترین سیستمهای حیات بخش بر روی کره زمین هستند. ابزارهای مولکولی برای ترسیم مرزهای گونهای و آشکارساختن الگوهای تکاملی و تنوع زیستی آنها مورد نیاز می باشند. مطالعه آلاینده های نفتی در مرجانها و رسوبات پیرامونی به منظور حفاظت و مدیریت اکوسیستم های مرجانی ضروری است. ازاینرو، مطالعه کنونی با هدف شناسایی گونه های مرجانی بوسیله ژن های میتوکندریایی وهسته ای its2 its1 و s 5/8 باروش dna بارکدینگ، اندازه گیری و مقایسه غلظت و منشأ آلکانهای نرمال و هیدوکربن های آروماتیک چندحلقهای(pahs )در رسوبات بخشهای مختلف جزایر مرجانی لارک و خارک و نیز کلنی های مرجانی صورت گرفت.به منظور مطالعات مولکولی، 88 نمونه برای ژن coi و 88 نمونه برای ژن های هسته ای its1، its 2 و s 5/8 استخراج گردید. تعداد گونه های شناسایی شده 8 گونه از 8 جنس متعلق به 9خانواده از مرجان های سخت و 4 خانواده از مرجان های نرم بودند. در ژن coi ، فاصله ژنتیکی k2pبرای تغییرات درون گونه ای از 0 تا 038/0 برای تغییرات بین گونه ای از 0 تا 361/0بود.میانگین تغییرات بین گونه ای 203/0 و میانگین تغییرات درون گونه ای 0039/0را نشان دادند. در نتایج ژن های هسته ای، فاصله ژنتیکی k2p برای تغییرات درون گونه ای از 0 تا 125/0 و برای تغییرات بین گونهای از 0 تا 180/0بود. میانگین تغییرات بین گونه ای 06/ 0 و میانگین تغییرات درون گونه ای 017/ 0 را نشان دادند.عدم هماهنگی بین درختهای ژنهای میتوکندریایی و هسته ای که بیان کننده گونه زایی هیبرید و تکامل مشبک است،به عنوان یکی از مهمترین مکانیسمهای ایجاد تنوع در بین برخی از جنسهای مرجانهامورد مطالعه مشاهده شد. به منظور اندازهگیری و مقایسه غلظت و منشأ آلکانهای نرمال و هیدوکربنهای آروماتیک چند حلقهای ) pahs ( در رسوبات سطحی و مرجان ها، 450 نمونه رسوب سطحی از 48 ایستگاه و 50 نمونه مرجان از 1 ایستگاه به طورتصادفی در دو مرحله )مردادماه و بهمن ماه 39 ( از هردو جزیره نمونهبرداری و بوسیله دستگاه کروماتوگرافی مجهز به طیفسنج جرمی gc-ms )آنالیز شد. میزان غلظت ترکیبات فوق در رسوبات سطحی و نیز کلنی های مرجانی جزیره خارک بیشتر از لارک محاسبه شدند. همچنین غلظت ترکیبات سنجش شده در مرجان های نرم بیشتر از سخت بود. الگوی توزیعی آلکان های نرمال و pahs به همراه نسبت های تشخیصی مختلف بکار رفته برای آن ها، منشأ غالب پتروژنیک را برای هر دو آلاینده در رسوبات و بافت های سخت و نرم مرجانی تایید کردند. نتایج آزمون همبستگی پیرسون رابطه منفی معنادار بین غلظت کل آلکانهای نرمال و pahsبا تراکم زوگزانتله(05/0 > p) و درنتیجه کلروفیل a (0/05> p)را در مرجانهای سخت و نرم هر دو جزیره نشان داد. همچنین نتایج آزمون t جفتی وجود اختلاف معنادار(0/05> p) بین میانگین تراکم زوگزانتله ) و نیز کلروفیل (a بافت نرم گونه های آبسنگ ساز مشابه در هر دو جزیره را نشان داد که این اختلاف معنادار نیز بین میانگین غلظت کل pahsو آلکانهای نرمال موجود در بافت نرم مرجانهای آبسنگ ساز مشابه در هر دو جزیره مشاهده شد. عدم همبستگی مثبت و معنادار بین غلظت کل pahs و آلکان های نرمال در مرجان ها با کلروفیل a و در نتیجه تراکم زوگزانتله نشان داد که تجمع زیستی و توزیع ترکیبات pah و آلکان نرمال در مرجان یک فرآیند پیچیده بوده و زوگزانتله احتمالا منبع اصلی جذب pahs و آلکان نرمال در بافتهای مرجانی نیستند. مطالعات بیشتر برای ارزیابی و شناخت اثرات این آلاینده های شیمیایی آلی بر بیولوژی مرجان ها و جلبک همزیست در مرجان ها ضروری است.