شناخت پدیده مشروعیت سیاسی در این پژوهش، بدنبال تشریح و کالبد شکافی مشروعیت سیاسی ، در مبانی مشروعیت سیاسی اندیشه محقق ثانی در چهارچوب مفهومی مشروعیت ، ناشی از هماهنگی ‏عقیدتی و ارزشی میان شهروندان و حکومت کنندگان است، به گونه ای که این هماهنگی اطاعت را آسان می کند، دولت را از کاربرد زور و تهدید به منظور تأمین فرمان برداری، بی نیاز می سازد. ازاین رو، پژوهش فرا رو در پی تأمین پاسخی برای این پرسشها است که: مشروعیت سیاسی از منظر پدیدار شناسی در اندیشه محقق ٍثانی چگونه قابل فهم و تبیین است؟ و میزان قرابت آن با نظر پیشنهادی امام خمینی چگونه است؟ برای پاسخ به این پرسشها، محقق با استفاده از روش کتابخانه ای ابتدا دیدگاه ها و نظرات علمای اسلامی اعم از اهل سنت و تشیع را در عصر غیبت(عج) درباره مبانی مشروعیت شرح می دهد، به طوری که براساس نظر تشیع حاکمیت مطلق خداوند خالق هستی که ملک مطلق جهان هستی است می باشد و هیچ نیروی دیگری بر جهان حاکمیت ندارد، مگر آنکه خداوند به دیگری چنین اختیار و حقی را اعطا نماید و ولایت و حاکمیت بر بندگان را به او واگذار کند. بر اساس این دیدگاه، در جهان بینی توحیدی حق زعامت و زمامداری جامعه منوط به حاکمیت الهی مطلق است و کسانی حق اجرای احکام و قضاوت و داوری دارند که از طرف خداوند منصوب و ماذون هستند و آنها در پرتو نصب و جعل الهی اقدام به اجرا و تنفیذ احکام می نمایند و قوانین الهی را که دارای وصف کمال و جامعیت هستند را در جامعه حاکم می گردانند. و در نظر اهل سنت، حکومت دینی مبتنی بر اندیشه خلافت و عدم نصب الهی و نبود اشتراط و اعتبار عصمت در حاکم قرار دارد و تعیین خلیفه یک امر مدنی فرض شده که صرفاً به خود مردم واگذار شده است. در عصر غیبت (عج) متفکران و فقهای شیعی بر اساس اصول حاکم بر اندیشه های سیاسی در اسلام، بادقت نظر به اصول عدالت و توسعه جامعه اسلامی و استفاده از روش گفتمان سازی در حوزه اندیشه سیاسی و روش فهم مکانیزم اجتهاد در مکتب شیعه و فضای حاکم بر استنباط احکام اسلامی به تبیین و نظریه ولایت فقیه که در آن مشروعیت سیاسی به صورت سلسله مراتب عمودی از طرف خداوند به پیامبر اسلام حضرت محمد(ص) و ائمه معصومین(ع) و از آنها به فقیه جامع الشرایط در جامعه خویش، می پردازند. براین اساس نویسنده به این نتیجه می رسد که مبنای مشروعیت سیاسی ونظام اجتماعی و جهانی شکل گرفته بر پایه اندیشه محقق ثانی وامام خمینی (ره)، مبتنی بر جهان بینی توحیدی است که اندیشه توحیدی را در سراسر هستی حاکم می داند و حاکمیت را اولاً و بالذات مربوط و منحصر به خداوند متعال می داند که خداوند خالق و مالک تمام موجودات و ارض و سماوات است. حکومت و حاکمیت در عصر غیبت امام زمان(عج) مبتنی بر مصلحت نظر و اندیشه مجتهد جامع الشرایط که قرابت بیشتری با اندیشه حکومت مردم سالاری دینی انقلاب اسلامی ایران( امام خمینی)، جمع میان عقلانیت، مقبولیت، قانونیت و حقانیت است. از این رو برای تحقق اندیشه سیاسی اسلام در قرن حاضرتوسط امام خمینی (ره) ، اولین حکومت شیعی (مبتنی بر اندیشه ولایت فقیه) دراین عصر به صورت نظام جمهوری اسلامی (مردم سالاری دینی) ، که سیاست را از لحاظ شرعی در قالب حداکثری آن یعنی شرعی بودن سیاست (یا عین هم بودن) و در قالب حداقلی یعنی عدم مغایرت سیاست با شریعت جستجو می کند، پی ریزی گردید. واژگان کلیدی: مبانی ، مشروعیت سیاسی ، عقلانیت سیاسی ، مقبولیت سیاسی، پدیدار شناسی سیاست ، محقق ثانی، امام خمینی.