در بین نظام حقوقی اسلام و حقوق بین الملل بشر اشتراک نظرهایی وجود دارد، ولی در موارد قابل توجهی، به ویژه میان نظام حقوق بین الملل بشر و نظام حقوقی اسلام، اختلاف تفسیر و برداشت مشاهده می شود. مهمترین موارد اختلاف نظر را می توان در تعریف آنها از انسان و مبانی و مصادیق شکنجه و وضع سازو کار رسمی مقابله با آن ملاحظه کرد. در نظام حقوقی اسلام تاکنون از واژه شکنجه تعریفی ارائه نشده است و شکنجه از مصادیق ظلم و ستم محسوب گردیده است. مرتکب شکنجه برابر قوانین اسلامی ممکن است عامل دولت باشد یا نباشد، حال آنکه در نگاه حقوق بین الملل بشر، ارتکاب شکنجه مستقیم یا غیر مستقیم به دولت باز می گردد. قرآن کریم در آیات متعددی هر گونه ظلم و ستم، ایذا و آزار، توهین و تمسخر، حتی در حد ایما و اشاره، نه تنها نسبت به غیر، بلکه نسبت به خود را ممنوع و حرام می داند و مومنان را به رعایت حدود الهی ملزم می سازد و هر اقدام خارج از مرزهای تعیین شده توسط شارع مقدس را فاقد رسمیت و موجب کیفر می داند. بدین ترتیب، شکنجه در دو نظام حقوقی اسلام و ایران، حتی در وضعیت های استثنایی مطلقاً ممنوع می باشد و مرتکب آن مستوجب مجازات است. در نظام حقوق بین الملل قید پایانی مقرر در تعریف ماده 1 و همچنین مفاد مواد 20 و 28 کنوانسیون منع شکنجه 1984 و همچنین ماده 4 میثاق بین المللی حقوق مدنی و سیاسی 1966، که به دولت ها اجازه می دهد در صورت بروز یک خطر عمومی استثنایی که موجودیت ملت را تهدید می کند تدابیری خارج از الزامات مقرر در میثاق را اتخاذ نمایند، آشکار می سازند که در حقوق بین الملل ممنوعیت شکنجه مطلق نیست. باز گذاشتن دست دولت ها در تشخیص وضعیت استثنایی و تدابیر آنها، موجب خواهد شد حکومت ها از این روزنه استفاده کنند و قوانینی را که با اهداف حقوق بین الملل بشر منافات دارند، تصویب نمایند. به علاوه برخی با تفسیر موسّع از امنیت و مواردی که صلح جهانی را تهدید می کنند، با استناد به مواد 41 و 42 منشور ملل متحد، در صدد توجیه اقدامات لازم برای برقراری آرامش و دفع عوامل تهدید هستند. بدین سان، بعضی از مواد معاهدات بین المللی حقوق بشر، نافی و یا کاهش دهنده تأثیر سایر مواد متضمن دفاع از حقوق بشر می باشند و امکان سوء استفاده، توجیه و انحراف از اهداف مورد نظر حقوق بین الملل بشر را فراهم می نمایند.