انطباق های چندتایی برای پیش بینی ساختارهای پروتئینی، پیش بینی عملکرد پروتئین ها و بررسی تکامل ژنتیکی ضروری هستند.پیدا کردن انطباق بین دنباله ها با بالاترین دقت به طوری که دنباله ها بیشترین شباهت را به هم داشته باشند، مسئله اصلی در این تحقیق است.در این پایان نامه طبقه بندی دنباله ها با توجه به ویژگی های آن ها و با توجه به این نکته که انواع مشابه ویژگی های بیولوژیکی باید با هم همتراز شوند در حالی که انواع مختلف نباید با هم همتراز شوند، باعث افزایش دقت الگوریتم نسبت به الگوریتم های دیگر شده است.