درتحقیق حاضر پس از بیان مفاهیم وتعاریف، اصول ومبانی دانشگاه واستقلال، وسیرتاریخی استقلال دانشگاهها درایران وآموزه های نظری مختلف در این زمینه بیان ودر نهایت با تصویب ماده 49 قانون برنامه برنامه چهارم وماده 20 قانون برنامه پنجم توسعه ودادن استقلال وخودمختاری به دانشگاهها در سه فصل جداگانه به مسئله استقلال در زمینه آموزشی ومالی واداری دانشگاهها پرداخته شده وقلمرو استقلال محتوایی واستقلال ساختاری(سازمانی)ومالی واداری درایران ورابطه هرسه با هم بررسی شده است...ودرانتها سعی شده است به دوپرسش اصلی در این زمینه پاسخ داده شود.نخست: اینکه اصلی ترین مسائل ومشکلات درمسیرتحقق مفاد ماده 20قانون برنامه پنجم توسعه چیست؟دوم اینکه چ راهکارهایی برای غلبه بر این مسائل ومشکلات وجوددارد؟یافته های این تحقیق با مطالعه توصیفی تحلیلی بوده وروش جمع آوری اطلاعات به صورت کتابخانه ای واینترنت حاصل شده است. دراین بین مشکلاتی چون وجود مراجع قانونگذاری متعدد درزمینه آموزش عالی ونقش محسوس دستگاههای فرا وزارتی درامرآموزش وهمینطور تغییرات پی در پی ووسیع را در بسیاری از مواد اصلی آیین نامه ها بوجود اورده است تا آنجا که حجم تغییرات و ملحقات به آیین نامه ها به چند برابر حجم آیین نامه اصلی رسیده است.نبودبانک اطلاعاتی قوانین آموزش عالی به این مشکل بیشتردامن زده وکسانی که در این زمینه تحقیق می کنندبا این مشکل بیشترروبروهستنن که مدام باید درپی ناسخ ومنسوخ باشند،ویکی دیگرازمشکلات،کمبودمنابع داخلی وتعدادکتابهایی که دراین زمینه وجودداردبسیارکم است، در آخرسر راهکارهایی پیشنهادی برای رفع یا کاهش آن ارائه شده است.