شقاقی لیموشیرین از عارضه¬هائی است که در استان فارس از اهمیت ویژه¬ای برخوردار است. از علائم مشخصه¬ی این عارضه ایجاد شکاف¬های طولی در پوست تنه¬ی مرکبات است که ممکن است به شاخه¬ها نیز انتقال یابد. از آنجا که این علائم می تواند توسط ویروئیدها ایجاد شود، مطالعه¬ای برای شناسایی ویروئیدهای همراه با این عارضه انجام گرفت. در این مطالعه نمونه¬های برگ و پوست درختان مبتلا و سالم لیموشیرین از باغ¬های مرکبات جهرم و داراب جمع آوری و به آزمایشگاه منتقل شدند. پس از استخراج آر اِن اِ از گیاه، به وسیله¬ی هیبریداسیون نوکلئیک اسید، واکنش زنجیره¬ای پلیمراز با ترانویسی معکوس، همسانه¬سازی و تعیین توالی ژنوم کامل، مشخصات مولکولی ویروئیدهای موجود در نمونه¬های آلوده بررسی گردیدند. بر اساس این خصوصیات (ترکیب نوکلئوتیدی، ساختمان اولیه و ثانویه، وزن مولکولی، روابط فیلوژنتیکی، درصد تشابه نوکلئوتیدی و جایگاه¬های برش آنزیمی)، مقایسه ای بین واریانت¬های موجود انجام گرفت. بر اساس نتایج بدست آمده، همراه بودن واریانت جدیدی از ویروئید کوتولگی رازک (split bark variant of hop stunt viroid = hsvd-sb) در تمام 36 نمونه با این بیماری مشخص گردید ولی این ویروئید در نمونه¬های بدون علائم ردیابی نشد. ویروئیدهای دیگر مرکبات شامل citrus exocortis viroid، citrus bent leaf viroid و citrus viroid-iii در درختان مرکبات جنوب شناسایی شدند ولی در همه¬ی موارد با عارضه¬ی شقاقی همراهی نداشتند. توالی hsvd-sb در سطح نوکلئوتیدی تنها 94/8% با واریانت غیر کاککسیای مرکبات ویروئید کوتولگی رازک (cvd-iia-117) که علائم مشابه اما خفیف تری را در پوست درختان نارنج سه برگچه¬ای ایجاد می کند، مشابهت دارد. مقایسه¬های مولکولی انجام شده بین جدایه hsvd-sb با سایر جدایه¬های این ویروئید نشان داد که در جدایه hsvd-sb تغییراتی در نوکلئوتیدهای "موتیف بیان علائم کاککسیا" نسبت به موتیف مشابه در cvd-iia-117 وجود دارد. پیوند جوانه درختان مبتلا روی نهال¬های سالم لیموشیرین و مایه¬زنی نهال¬های مزبور به روش مکانیکی موجب انتقال ویروئید شد ولی تا 11 ماه بعد هیچ گونه علائم ویژه¬ای روی نهال¬های مزبور مشاهده نگردید. نقش این ویروئید در ایجاد بیماری شقاقی می¬تواند با ساخت سازه¬های حاوی ترادف تکراری ویروئید و آزمایش بیماری¬زایی آن¬ها مشخص گردد.

از میان ویروس هایی که در گندم تولید موزائیک می کنند، ویروس موزائیک رگه ای گندم (wheat streak mosaic virus, wsmv) در سطح جهان گسترده ترین و شایع ترین است. در شرایط فارس علف هرز دژگال (echinochloa colonum) مهمترین میزبان ویروس و کنه در مزارع هست. گاهی آلودگی دژگال به این ویروس در داخل مزارع ذرت به صد در صد نزدیک می شود. درباره نقش علف هرز دژگال در اپیدمیولوژی و پایداری wsmv در ایران اطلاع دقیقی در دست نیست. در تحقیق حاضر نقش میزبان با مطالعه اثر میزبان در تفاوت های ترادف نوکلئوتیدی، گامی در جهت روشن شدن اپیدمیولوژی wsmv برداشته خواهد شد. به این منظور نمونه های گندم و دژگال دارای علائم آلودگی از مناطق مرودشت و سعادت شهر استان فارس جمع آوری و پس از تشخیص wsmv در آنها به روش indirect elisa به عنوان منبع ویروس برای مطالعات مولکولی و بیولوژیکی مورد استفاده قرار گرفتند. از این دو منبع به گندم سالم و دژگال سالم به صورت serial passage مایه زنی شد. از ویروس موجود در مراحل مختلف مایه زنی شده به منظور تعیین ترادف بخشی از ناحیه cp در ژنوم ویروس ابتدا آر.ان.ای ویروس با استفاده از mrna capture kit به دام انداخته شد. cdna بدست آمده با استفاده از جفت آغازگر های اختصاصی ws15f,ws15rو ws16f,ws16r تکثیر شد. قطعات تکثیر شده در داخل پلاسمید ptz57r/t وارد و به سویه dh5α باکتری e. coli انتقال داده شد و همسانه سازی انجام گرفت. پلاسمید همسان سازی شده استخراج و ترادف قطعه وارد شده تعیین گردید. در بررسی دیگر به منظور مطالعه تفاوت wsmv مناطق گرمسیر با جدایه های مناطق معتدل و در جهت پاسخ به این سوال که آیا فقدان قطعه 42 نوکلئوتیدی در ویروس واقع در مناطق گرمسیر مربوط به شرایط اقلیمی است یا نه. از مناطق دزفول و بهبهان استان خوزستان نمونه برداری و از بهبهان گندم و از دزفول گندم و علف هرز poa sp. دارای علائم آلودگی جمع آوری شد. ضمن مایه زنی به گندم سالم رقم مرودشت در گلخانه آزمایش های مذکور بر روی نمونه های جمع آوری شده از خوزستان انجام گرفت. شایان ذکر است از جفت آغازگر های اختصاصی ws13f,ws2r و ws1f,ws2r برای تکثیر wsmv جدایه های خوزستان استفاده شد. در بررسی های انجام شده بر روی جدایه های فارس هیچ تفاوتی بین ترادف های آمینواسیدی ویروس در مراحل مختلف مایه زنی ویروس مشاهده نشد. این نشان دهنده آن است که اثر میزبانی وجود ندارد. wsmv در میزبان گندم همان wsmv در میزبان دژگال می باشد و صفات ویروس در این دو میزبان ثابت بوده و تغییر نکرده است. بدین ترتیب علف هرز دژگال می تواند در پایداری wsmv در خارج از فصل زراعی و در غیاب میزبان زراعی گندم نقش و اهمیت داشته باشد. بررسی های انجام گرفته بر روی جدایه های خوزستان نشان دهنده فقدان قطعه 42 نوکلئوتیدی است. این بررسی دستاورد های گذشته را در خصوص جدایه های خوزستان تائید می کند. همچنین فقدان این قطعه در ژنوم wsmv موجود در گندم رقم مرودشت مایه زنی شده توسط گندم آلوده بهبهان قابلیت انتقال مکانیکی این جدایه را ثابت می نماید. وجود این جدایه در گیاه زراعی گندم و علف هرز در یک منطقه (دزفول) ظاهرا قابلیت انتقال با کنه ناقل را نیز نشان می دهد. فقدان این ترادف در سویه الباتان از مکزیک و بهبهان و نیز ویروس پیسک بافت مرده یولاف( onmv) نشان می دهد که ناحیه مزبور برای ایجاد شکاف بسیار حساس است.