شقاقی لیموشیرین از عارضه¬هائی است که در استان فارس از اهمیت ویژه¬ای برخوردار است. از علائم مشخصه¬ی این عارضه ایجاد شکاف¬های طولی در پوست تنه¬ی مرکبات است که ممکن است به شاخه¬ها نیز انتقال یابد. از آنجا که این علائم می تواند توسط ویروئیدها ایجاد شود، مطالعه¬ای برای شناسایی ویروئیدهای همراه با این عارضه انجام گرفت. در این مطالعه نمونه¬های برگ و پوست درختان مبتلا و سالم لیموشیرین از باغ¬های مرکبات جهرم و داراب جمع آوری و به آزمایشگاه منتقل شدند. پس از استخراج آر اِن اِ از گیاه، به وسیله¬ی هیبریداسیون نوکلئیک اسید، واکنش زنجیره¬ای پلیمراز با ترانویسی معکوس، همسانه¬سازی و تعیین توالی ژنوم کامل، مشخصات مولکولی ویروئیدهای موجود در نمونه¬های آلوده بررسی گردیدند. بر اساس این خصوصیات (ترکیب نوکلئوتیدی، ساختمان اولیه و ثانویه، وزن مولکولی، روابط فیلوژنتیکی، درصد تشابه نوکلئوتیدی و جایگاه¬های برش آنزیمی)، مقایسه ای بین واریانت¬های موجود انجام گرفت. بر اساس نتایج بدست آمده، همراه بودن واریانت جدیدی از ویروئید کوتولگی رازک (split bark variant of hop stunt viroid = hsvd-sb) در تمام 36 نمونه با این بیماری مشخص گردید ولی این ویروئید در نمونه¬های بدون علائم ردیابی نشد. ویروئیدهای دیگر مرکبات شامل citrus exocortis viroid، citrus bent leaf viroid و citrus viroid-iii در درختان مرکبات جنوب شناسایی شدند ولی در همه¬ی موارد با عارضه¬ی شقاقی همراهی نداشتند. توالی hsvd-sb در سطح نوکلئوتیدی تنها 94/8% با واریانت غیر کاککسیای مرکبات ویروئید کوتولگی رازک (cvd-iia-117) که علائم مشابه اما خفیف تری را در پوست درختان نارنج سه برگچه¬ای ایجاد می کند، مشابهت دارد. مقایسه¬های مولکولی انجام شده بین جدایه hsvd-sb با سایر جدایه¬های این ویروئید نشان داد که در جدایه hsvd-sb تغییراتی در نوکلئوتیدهای "موتیف بیان علائم کاککسیا" نسبت به موتیف مشابه در cvd-iia-117 وجود دارد. پیوند جوانه درختان مبتلا روی نهال¬های سالم لیموشیرین و مایه¬زنی نهال¬های مزبور به روش مکانیکی موجب انتقال ویروئید شد ولی تا 11 ماه بعد هیچ گونه علائم ویژه¬ای روی نهال¬های مزبور مشاهده نگردید. نقش این ویروئید در ایجاد بیماری شقاقی می¬تواند با ساخت سازه¬های حاوی ترادف تکراری ویروئید و آزمایش بیماری¬زایی آن¬ها مشخص گردد.