باکتری (pss) pseudomonas syringae pv. syringae عامل بیماری های متعددی روی محصولات زراعی و باغی می باشد یکی از مهمترین بیماری های ناشی از این باکتری شانکر، لکه برگی و نکروز پوست در درختان میوه هسته دار (هلو، شلیل، زردآلو، آلو و گیلاس) است. به منظور بررسی همسانی یا تنوع جدایه های عامل شانکر و لکه برگی باکتریایی درختان میوه هسته دار، طی سال های 1386-1388 نمونه برداری از باغ های درختان میوه هسته دار واقع در مناطق مختلف استان های اردبیل، گیلان، مازندران و خراسان رضوی صورت گرفت. علائم بیماری در درختان آلوده به صورت زخم های نکروزه، ترشح صمغ روی جوانه ها، سرشاخه ها و تنه مشاهده گردید. جهت جداسازی عوامل بیماریزای باکتریایی، نمونه ها از بافت های آلوده جوانه، برگ، شاخه و تنه تهیه و در آب مقطر در تشتک استریل خرد شده و 100میکرولیتر از عصاره به دست آمده روی محیط های na، ydc و kb کشت داده شد و تک پرگنه های در حال رشد انتخاب و خالص سازی گردیدند. باکتری های جداشده بر اساس آزمون های گروه lopat و gatta، pss شناسایی شدند. در کل 70 جدایه به دست آمده مورد بررسی های فنوتیپی (مورفولوژیکی، فیزیولوژیک و بیوشیمیایی) و الکتروفورز پروتئین محلول سلولی ( sds-page) قرار گرفتند. جدایه ها بر اساس خصوصیات فنوتیپی و الگوی پروتئین های سلولی اختلافات جزئی نشان دادند. به منظور ارزیابی دامنه تنوع ژنتیکی جدایه های pss، dna ژنومی استخراج و در واکنش زنجیره ای پلیمراز با روشهای eric، rep و box-pcr (rep-pcr) به کار برده شدند. محصول های تکثیر شده در ژل آگارز 5/1 درصد الکتروفورز و با اتیدیوم بروماید رنگ آمیزی شد. از ضریب تشابه جاکارد (jaccard) برای تعیین تشابه جدایه ها و از روش upgma و نرم افزار ntsys-pc برای آنالیز خوشه ای استفاده شد. آنالیز خوشه ای نتایج به دست آمده نشان داد که در eric-pcr در سطح تشابه 75 درصد، جدایه ها به 8 گروه، با rep-pcr به 5 گروه و در box-pcr به 7 گروه و با ترکیب همه آغازگرها به 9 گروه تقسیم شدند. نتایج نشانگر وجود تنوع ژنتیکی درون جدایه های pss عامل بیماری شانکر درختان میوه هسته دار بود.