یونجه (medicago sativa) گیاهی چند ساله از خانواده لگومینوز بوده و مهم ترین گیاه علوفه ای برای تغذیه دام محسوب می شود و پس از غلات، مهم ترین محصول اقتصادی دنیا می باشد. امروزه اصلاح این گیاه پر اهمیت در جهت افزایش راندمان تولید و مقاومت به شرایط استرسی محیطی امری بسیار مهم می باشد. در راستای اهداف فوق، تنوع ژنتیکی ، پایه بیشتر برنامه های اصلاحی بوده و انجام گزینش منوط به وجود تنوع ژنتیکی مطلوب از حیث صفت مورد بررسی می باشد. شوری پس از خشکی از مهم ترین و متداول ترین تنش های محیطی در سطح جهان و از جمله ایران است بخش قابل توجهی از اکوسیستم های طبیعی و زراعی دنیا تحت تنش شوری قرار دارد. در این بررسی تنوع ژنتیکی بین و درون 10 جمعیت یونجه ایرانی که از منطقه شمال غرب کشور جمع آوری شدند، با روش rapd ارزیابی شد. استخراج dna از 30 بذر در هر جمعیت انجام شد. dna ی هر نمونه با 10 آغازگر تصادفی، تحت واکنش زنجیره¬ای پلی مراز قرار گرفت. حداکثر و حداقل نوارها متعلق به آغازگرهای b1 با 19 نوار و b8 با 8 نوار بود. در مجموع 135 عدد نوار چند شکل برای 10 آغازگر به دست آمد.در مجموع نتایج تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که سهم بزرگی از تنوع ژنتیکی کل متعلق به تنوع درون جمعیتی می باشد (70/02 درصد) که این تنوع قابل توجه درون جمعیتی در توافق با ماهیت اتوتتراپلوئیدی و آلوگامی یونجه است. همچنین دندروگرام گروه بندی جمعیت¬ها بر اساس فاصله ژنتیکی نی و به روش upgma رسم شد و جمعیت¬ها در 2 گروه قرار گرفتند. پنج ژنوتیپ از میان 10 ژنوتیپ بر اساس بیشترین عملکرد برای بررسی تحمل به شوری انتخاب شدند. آزمایش در قالب کرت های خردشده با طرح پایه بلوکهای کامل تصادفی در سه تکرارصورت گرفت. اثر تنش بر صفات فیزیولوژیک معنی دار بود نتایج، نشان دهنده کارایی روش rapd در بررسی تنوع ژنتیکی در درون و بین جمعیت¬های یونجه بود.