جایگاه حس و عقل در معرفت شناسی، از مهمترین مسائل این علم بشمار می رود. فلاسفه از دیر باز به صورت مستقیم یا غیر مستقیم به این بحثها اشاره کرده اند. از کهن ترین آثار فلسفی تا تلاش های فیلسوفان معاصر، شاهد اهتمام ایشان به بحث حس و عقل و معرفت شناسی هستیم. در این پژوهش از میان فلاسفه مسلمان، ابن سینا از قدمای مشائی و طباطبایی از متاخرین صدرایی برگزیده شده اند تا آراء آنها درباره جایگاه حس و عقل در منطق و معرفت بررسی شود. ابن سینا و طباطبایی در اموری چون مراتب ادراک (حسی، خیالی،عقلی) نقش عقل فعال، اصل وجود تصدیق های پیشین، ارزش و مبدئیت شناخت حسی با همدیگر اشتراک دارند. اختلافات آنها به شرح زیر است: الف) در ادراک حسی و خیالی شیخ به نظریه حلول و علامه به پیروی از ملاصدرا به نظریه صدور قائل شده است. ب) در ادراک عقلی شیخ به نظریه تجرید و علامه به پیروی از ملاصدرا به نظریه تعالی و مشاهده قائل شده است. ج) در علم حضوری شیخ جایگاه آن را در حد علم به ذات می پذیرد ولی علامه مبنای اعتبار علم حصولی را نیز علم حضوری می داند. د) در بحث علم و فلسفه، شیخ به تمایز قاطع بین طبیعیات و مابعد الطبیعه قائل نیست ولی علامه به تفاوت جوهری بین علم و فلسفه باور دارد.