به منظور برآورد تنوع ژنتیکی درون و بین اکوتیپ های علف باغ با استفاده از نشانگرهای rapd، بذر 18 اکوتیپ داخلی و 7 اکوتیپ خارجی در گلخانه دانشکده کشاورزی دانشگاه محقق اردبیلی کشت شدند. برای استخراج dna نمونه برگی از ژنوتیپ ها در مرحله 4 برگی از برگ های جوان تهیه شد. در تجزیه rapd، 8 آغازگر rapd از 40 آغازگر مورد ارزیابی، 73 نوار چند شکل تولید کردند. تعداد کل نوارهای چندشکل در درون اکوتیپ ها از 25 تا 49 نوار متغیر بود. فاصله ژنتیکی بین اکوتیپ ها بر اساس ضریب نی بین 0/051 تا 0/245 برآورد شد. میانگین تنوع ژنتیکی کل، درون اکوتیپ ها و درجه تمایز ژنی به ترتیب 291/ 0، 0/181 و 0/378 برآورد گردیدند که نشان می داد تنوع درون اکوتیپ ها بیشتر از بین اکوتیپ ها است. تنوع ژنتیکی درون اکوتیپ ها با استفاده از شاخص ژنی نی در محدوده صفر تا 5/0 برآورد شد. تجزیه واریانس مولکولی بر اساس مربع فاصله اقلیدسی، تنوع معنی داری را بین و درون اکوتیپ ها نشان داد. به طوری که، بخش اعظم تغییرپذیری در درون اکوتیپ ها (78/38 %) بود. بر اساس تجزیه خوشه ای داده های مولکولی، 25 اکوتیپ علف باغ در 8 گروه قرار گرفتند. گروه بندی بر اساس داده های مولکولی انطباقی با گروه بندی جغرافیایی اکوتیپ ها نداشت. در تجزیه به مولفه های هماهنگ اصلی، سه مولفه اول 59/48 درصد از تغییرات داده ها را توجیه کردند. گروه بندی اکوتیپ ها با استفاده از دو مولفه اصلی اول و دوم تا حدودی نتایج حاصل از تجزیه خوشه ای را تائید کرد.