هدف این تحقیق بررسی ارتباط ساختار سازمانی با اثربخشی سازمانی در ادارات تربیت بدنی وزارتخانه های منتخب شامل (وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، وزارت آموزش و پرورش و وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی)می باشد. جامعه آماری را کارشناسان شاغل در این ادارات تربیت بدنی که 56 نفر بودند تشکیل می دادند و حجم نمونه برابر با جامعه آماری بود. برای جمع آوری داده ها از پرسشنامه استاندارد ساختار سازمانی رابینز (0/81=α) و پرسشنامه اثربخشی سازمانی حمیدی(0/95=α) استفاده شد. نتایج در دو سطح آمار توصیفی و آمار استنباطی(ضریب همبستگی پیرسون و اسپیرمن، تحلیل واریانس و….) با استفاده از نرم افزار spss مورد بررسی قرار گرفت. نتایج تحقیق نشان داد بین میزان پیچیدگی ساختار سازمانی و اثربخشی سازمانی ادارات تربیت بدنی وزارتخانه های منتخب ارتباط معناداری وجود ندارد(p>0/05). بین میزان رسمیت ساختار سازمانی و اثربخشی سازمانی ادارات تربیت بدنی وزارتخانه های منتخب ارتباط معناداری وجود ندارد(p>0/05). بین میزان تمرکز ساختار سازمانی و اثربخشی سازمانی ادارات تربیت بدنی وزارتخانه های منتخب ارتباط معناداری وجود ندارد(p>0/05). بین میزان ارتباط ساختار سازمانی و اثربخشی سازمانی در ادارات تربیت بدنی وزارتخانه های منتخب تفاوت معناداری وجود ندارد(p>0/05). بین میزان اثربخشی سازمانی ادارات تربیت بدنی وزارتخانه های منتخب تفاوت معناداری وجود دارد(p<0/01). بین ساختار سازمانی ادارات تربیت بدنی وزارتخانه های منتخب تفاوت معناداری وجود دارد(p<0/01). با توجه به نتایج برای نهادینه کردن اثربخشی پایدار در ادارات تربیت بدنی باید با رعایت اصول و قواعد در توسعه نظام مدیریت ارگانیکی اصرار ورزید.