اخیرأ، الکترودهای کربنی ساخته شده با استفاده از مایعات یونی به عنوان binder امتیاز بیشتری برای افزایش عملکرد الکتروشیمی نسبت به الکترودهای کربنی معمولی نشان داده اند. در این تز شبیه سازی دینامیک ملکولی گرافیت با مایع یونی و پارافین برای حل فاکتورهای موثر برعملکرد بالای این نوع الکترودها انجام شده است. شبیه سازی روی مجموعه هایی از مایع یونی 1- بوتیل - 3- متیل ایمیدازولیوم هگزا فلورو فسفات و دو صفحه هگزا گونالی از گرافیت در 323 درجه کلوین صورت گرفته است. نسبت وزنی30/70، گرافیت/مایع یونی استفاده شده در شبیه سازی بر اساس بهینه سازی مقدار در افزایش عملکرد الکتروشیمی است. نتایج شبیه سازی مایع یونی روی سطح گرافیت باردار، یک لایه از جفت یونی مایع یونی که در مرکز صفحه گرافیت متمرکز است را نشان می دهد بطوری که لبه صفحات از مایع یونی پوشیده نشده است. همچنین نتایج در مورد صفحاتی که باردار نیستند نیز اینگونه است. از طرف دیگر شبیه سازی مخلوط صفحات گرافیت با الکان c20h42 ، پارافین، نشان می دهد که یک لایه تک ملکولی از پارافین روی صفحه گرافیت تشکیل می شود که الگوی پوششی ویژه ای ندارد. نتایج نشان می دهد که جذب پوششی یکسانی در مرکز، کناره ها و لبه ها وجود دارد و عملکرد بالای الکترودهای کربنی ساخته شده با مایع یونی به دلیل این است که لبه ها از مایع یونی پوشیده نمی شوند. نتایج شبیه سازی مایع یونی و پارافین با استفاده از توابع توزیع جفتی توضیح داده شده است. مورد مایع یونی و پارافین قرار گرفته در بین صفحات گرافیت را نیز با نتایج جالبی شبیه سازی می نمائیم.

رسوب آسفالتین یک مشکل شناخته شده در صنعت نفت است. آسفالتین بر روی مراحل تولید و پالایش نفت تاثیر زیادی دارد و باعث تحمیل هزینه های زیادی جهت جلوگیری و از بین بردن رسوبات می شود. در این پایان نامه از شبیه سازی دینامیک مولکولی جهت مطالعه ی مکانیسم تشکیل رسوب یک نوع آسفالتین موجود در نفت خام استفاده شده است. مشا هده شد که مولکولها ابتدا به صورت جفتی رسوب می کنند و سپس دایمر های میانی طی یک فرآیند مشابه هسته زایی به سمت هم حرکت می کنند و در نهایت همه ی مولکولها رسوب می کنند. بعد از اضافه کردن تولوئن به عنوان حلال ، قسمتی از حلقه های فیوز شده که مجاور زنجیره های آلکیلی بلندتر است ساختار نسبی متقارن خود را از دست می دهد در حالی که قسمتی که مجاور زنجیر های کوتاه تر است تقریبا چسبیده به هم باقی می ماند. در قسمت تجربی آسفالتین دو نمونه نفت خام به روشهای استاندارد جداسازی شد و به وسیله ی تجزیه ی عنصری chns و طیف نگاری ft-ir و 1h nmr و 13c آنالیز شد. همان طور که در آسفالتین های بقیه ی نقاط جهان مشاهده شده ، اتمهای گوگرد ، اکسیژن و نیتروژن در مقادیر کم در ساختار حلقه های فیوز شده وجود دارد. تجزیه ی عنصری و طیف سنجی این امکان را ایجاد کردند که ساختارهایی را برای این دو نمونه آسفالتین پیشنهاد دهیم.