کلستریدیوم پرفرینجنس مسئول ایجاد بیماری­های زیادی در انسان و حیوانات می­باشد. این باکتری پنج تیپ مختلف دارد که هر کدام بیماری­های خاصی را موجب می­شوند. جهت تشخیص تیپ­های­ مختلف این باکتری روش­های متفاوتی وجود دارد که اکثراً دشوار، زمان­بر و پرهزینه هستند و از حساسیت و اختصاصیت پایینی نیز برخوردارند. هدف از انجام این تحقیق استفاده از روش­های پیشرفته مولکولی جهت شناسایی ژنوتیپ­های مختلف باکتری کلستریدیوم پرفرینجنس در شهرستان کرمان می­باشد. متأسفانه تاکنون هیچگونه تحقیق مستندی در این رابطه در ایران انجام نشده است. در این مطالعه 270 نمونه مدفوع از گوسفندان 20 روستا در اطراف کرمان به طور تصادفی و در دو مرحله گرفته شد. پس از فرآوری و کشت نمونه­ها، کلونی­های حاصل از نظر مورفولوژی و رنگ­آمیزی بررسی شدند و با استفاده از آزمون­های بیوشیمیایی، گونه­های آنها شناسایی شد. آزمایش­های بیوشیمیایی انجام شده عبارت بودند از: آزمایش کاتالاز، هیدرولیز ژلاتین، هیدرولیز لستین، آزمون لیپاز، آزمون تولید اندول، آزمایش حرکت، واکنش شیر تورنسل دار و تخمیرکربوهیدرات­ها (ساکارز، گلوکز، لاکتوز و مالتوز). کلستریدیوم­های جدا شده در این تحقیق 30 درصد نمونه­ها را شامل می­شدند که عبارت بودند از کلستریدیوم­های پرفرینجنس، باراتی، ابسونیوم، بیفرمنتانس، اسپورجنس، لپتوم، اورانتی­بوتریکوم، اسپوراسفیریدس، سیمبی­زوم، اسکاتولوجنس، راموزوم و سردلی. استخراج dna بر روی تمام گونه­های کلستریدیوم جدا شده انجام شد. جهت تعیین تیپ باکتری­های جدا شده، از آزمون pcr با پرایمرهای اختصاصی هر تیپ استفاده گردید. تیپ­های جدا شده باکتری کلستریدیوم پرفرینجنس شامل 17/39% تیپ a، 21/74% تیپ b، 34/78% تیپ c، و 26/09% تیپ d بود که تیپ a برای اولین بار در ایران شناسایی گردید. در مطالعه­ای بین نمونه­های نگهداری شده در یخچال و نمونه­های تازه، اختلاف معنی­دار زیادی (p<0/01) در جداسازی کلستریدیوم­ها مشاهده شد. همچنین تأثیر تزریق واکسن آنتروتوکسمی بر جداسازی گونه­های مختلف کلستریدیوم­های روده­ای بررسی شد و نتایج حاصله اثر معنی­دار زیاد واکسیناسیون (p<0/01) روی کاهش جداسازی گونه­ی کلستریدیوم پرفرینجنس را نشان می­دهد.