حیات انسان، مفهوم کانونی اندیشه‏ علامه جعفری بوده و تمرکز نظری آن پیرامون نظریه "حیات معقول" می باشد. وی هدف نهایی حیات انسان را تحقق این نوع از حیات دانسته وحیات را به دو نوع طبیعی محض و معقول تقسیم بندی می کند. درحیات طبیعی محض، انسان فقط به ارضاء غرائز طبیعی خود پرداخته و ابعاد مثبت وجود انسان و استعدادهایش مغفول است. درحیات معقول، انسان از اصول و ارزش‏های حیات آگاه بوده و برمبنای آن از اختیار خود بهره‏برداری نموده و در مسیر کمال قرار دارد. این نظریه در لایه معرفت‏شناختی، شناخت را ممکن و ضروری دانسته و منابع آن را عقل ابزاری، شهودی و قدسی می داند. در حیات معقول عقل نظری و عقل عملی هردو در استخدام شخصیت روبه رشد کمال آدمی قرار می‏گیرند. در هستی شناسی، هستی مخلوق خداوند بوده و دارای حقیقت، هدفمند، قابل شناسایی و دارای دو بعدمادی و غیرمادی است. در حیات معقول، انسان از شریف ترین موجودات هستی و دارای فطرتی پاک، کمال جو و مستعد کمال است، هدفمند، تغییرپذیر و برخوردار از حیات طبیعی و ابدی است. در حیات معقول، نه فرد اصالت استقلالی دارد و نه اجتماع. علامه با یک نظر تلفیقی خاص، طرح موضوع اصالت فرد واجتماع را غیرمنطقی دانسته و معتقد است، مختصات هریک از فرد و اجتماع باید در ارتباط با همدیگر بررسی شود. فرهنگ در نگاه علامه دارای چهارنوع رسوبی، بی‏رنگ، پیرو و پیشرو می باشد. فرهنگ پیشرو عامل تکاپوی انسان به سوی هدف اعلای زندگی است. درنظر ایشان با پی ریزی منطقی اقتصاد، حقوق، سیاست وقدرت جهانی، فرهنگ جهانی واحد، قابل تحقق است. علامه، تمدن را برقراری نظم و هماهنگی در روابط افراد یک جامعه دانسته و آن را به تمدن انسان محور و قدرت محور تقیسم می‏کند. وی عدالت و عدالت خواهی را اساسی‏ترین ویژگی حیات آدمی می داند. از نظر علامه حقوق و قوانین معمولی که تنها به کشف روابط حیات طبیعی محض انسان‏ها با یکدیگر و تنظیم آنها برای همزیستی محض قناعت می‏نماید، نمی‏تواند متضمن سعادت واقعی آدمی باشد. ایشان تحولاتی را که منجر به تحقق حیات معقول شود، ضروری جامعه می‏داند.