مقدمه و هدف: کریپتوسپوریدیوم انگل تک یاخته داخل سلولی است که معمولاً اپی تلیوم دستگاه گوارش طیف وسیعی از مهره داران را آلوده می کند و معمولاً به عنوان یکی از عوامل اصلی اسهال در انسان و دام های اهلی شناخته شده است که دارای اهمیت زئونوتیک نیز می باشد. اطلاعات مستند نشان دهنده ی حضور سه گونه کریپتوسپوریدیوم به عنوان عوامل ایجادکننده کریپتوسپوریدیوزیس در طیور است ، که شامل کریپتوسپوریدیوم بیله ای، کریپتوسپوریدیوم مله اگریدیس و کریپتوسپوریدیوم گالی می باشد. مطالعه ی حاضر به تشخیص مولکولی کریپتوسپوریدیوم در جوجه های گوشتی صنعتی و بومی استان گیلان به روش nested-pcr با استفاده از جایگاه ژنی18s rrna پرداخته است. روش کار: در این مطالعه تعداد 100 نمونه از مدفوع جوجه ها ی گوشتی صنعتی و بومی استان گیلان در فصول زمستان و بهار جمع آوری گردید و در ابتدا تمامی نمونه ها به روش رنگ آمیزی زیل نیلسون تغییریافته موردبررسی قرار گرفتند و پس از تشخیص میکروسکوپی نمونه های مثبت، اووسیست های کریپتوسپوریدیوم جداسازی و تخلیص شدند (شایان و همکاران 1391). پس از خالص سازی اووسیست ها، استخراج dna نمونه ها با استفاده از دستور العمل کیت mbst و روش sturbaum و همکاران (2001) انجام گرفت. سپس به کمک ژل آگارز 1 درصد الکتروفورز انجام پذیرفت. لازم به ذکر است که nasted-pcr در دو مرحله انجام شد. نتایج و بحث: در ابتدا به روش میکروسکوپی از تعداد 100 نمونه ، 8 نمونه (8درصد) ازنظر آلودگی به کریپتوسپوریدیوم مثبت تشخیص داده شدند و سپس به روش مولکولی آلودگی در نمونه های مذکور تأیید گردید. در nasted-pcr مرحله ی اول، نمونه‏های مثبت باندهای bp843-840 را نشان دادند و در nasted-pcr مرحله ی دوم، باندهای bp593-590 را نشان دادند. بر اساس نتایج حاصل به کمک نرم افزار آماری spss نسخه‏ی 22 به روش mann-whitne test بین میزان آلودگی در دو فصل زمستان و بهار تفاوت معنی داری وجود نداشت ( p>0.05 ). اما بین میزان آلودگی در دو رده ی سنی بالای 25روزگی و زیر 25روزگی تفاوت معنی دار مشاهده گردید ( p<0.05 ). لازم به ذکر است ، میزان آلودگی در فصل زمستان 2/78درصد و در فصل بهار 10/93درصد بود. هم چنین میزان آلودگی در گله های جوجه‏های گوشتی زیر 25روزگی 1/96درصد و در گله‏های بالای 25روزگی 14/28درصد مشاهده گردید.