گوجه فرنگی (lycopersicum esculentum mill.) یکی از سبزیجات مهم در ایران و بسیاری از کشور¬ ها است. ویروس¬ها ازجمله بیمار¬گر¬هایی هستند که باعث ایجاد خسارت در این محصول می شوند. در این پژوهش به منظور بررسی میزان پراکندگی ویروس¬های عامل موزاییک و بررسی ویژگی¬های ویروس غالب در مزارع و گلخانه های شهرستان یزد، نمونه¬برداری¬هایی طی فصل زراعی 90 تا 91 انجام شد. در طی این نمونه برداری 451 نمونه ی برگی با علائم موزاییک از نقاط عمده¬ی کشت گوجه فرنگی در شهرستان یزد جمع¬آوری شد. نمونه¬های فوق با استفاده از روش acp-elisa و das-elisa و با آنتی¬بادی اختصاصیpotato virus y (pvy)، cucumber mosaic virus (cmv)، tomato mosaic virus (tomv) و arabis mosaic virus (armv) مورد بررسی قرار گرفتند. در این پژوهش درصد آلودگی نمونه های جمع¬آوری شده به ویروس¬های cmv، pvy، armv و tomv به ترتیب 11/3%، 20/6%، 2/6% و 13/5% و بیش ترین درصد آلودگی متعلق به ویروس pvy بود. برای تعیین سویه ی یک جدایه¬ی انتخابی ویروس (t5) ابتدا آزمون تعیین دامنه¬ی میزبانی انجام شد و ویروس به تعدادی از گیاهان خانواده¬ی solanaceae، chenopodiaceae، cucurbitaceae و leguminoseae مایه زنی شد. در این آزمون، جدایه¬ی ویروس در باقلا علائم لکه موضعی و درگیاهان سیب زمینی، فلفل دلمه¬ای، باقلا و توتون سیستمیک شد. برای تعیین سویه¬ی جدایه¬ی t5، پس از استخراج rnaی کل از نمونه ها، با استفاده از آغازگرهای اختصاصی pvy نواحی مختلف cp، nib و p1 تکثیر شد. با آغازگرهای m4t/sprimer، p1/p2، cpf/cpr به ترتیب قطعات 1700، 837، 824 جفت بازی تکثیر شد. برای تشخیص سویه¬ی pvy از جفت آغازگرهای اختصاصی سویه به نام های cf/or، nf/nr، of/or و nf/or استفاده شد. با جفت آغازگرهای of/or و or/nf دو قطعه¬ی 609 جفت بازی تکثیر شد. در آزمون rflp محصول pcr حاصل از تکثیر ناحیه¬ی p1 تحت تاثیر آنزیم برشی hincii قرار گرفت که دو قطعه¬ی حدود 400 جفت بازی ایجاد شد. در نهایت، توالی p1، cp و nib ویروس با سایر توالی¬های موجود در بانک ژن مورد بررسی قرار گرفت. . با توجه به نتایج جدایه¬ی t5 مورد بررسی متعلق به گروهntn است.