امروزه با وجود پیشرفت های زیاد در درمان سرطان، به دلیل ایجاد سلول های سرطانی مقاوم به دارو های ضدسرطانی موجود علاقه زیادی به توسعه دارو های ضدسرطانی با مکانیسم عمل جدید وجود دارد. مطالعات نشان داده که بعضی از این پپتید های ضدمیکروبی کاتیونیک نسبت به سلول های باکتریایی سمی ولی نسبت به سلول های طبیعی پستانداران سمی نیستند و طیف وسیعی از فعالیت های سیتوتوکسیک نسبت به سلول های سرطانی نشان می دهند. پارداکسین پپتید تخریب کننده ی غشایی که به صورت اصلی در ماهی pardachirus marmoratus وجود دارد. شبیه سازی دینامیک های مولکولی پپتید پارداکسین آشکار کرد که جهت گیری مارپیچ c ترمینال این پپتید به ترکیب غشا بستگی دارد. آن در سطح دولایه ای های لیپیدی تشکیل شده از پالمیتوئیل- الئویل- فسفاتیدیل کولین (popc) و درون دولایه ای های لیپیدی متشکل از دی مریستویل- فسفاتیدیل کولین (dmpc) قرار می گیرد. پپتید برای تخریب و فروپاشی غشا در غشاهای popc با مکانیسم فرش و در غشاهای dmpc با مکانیسم تشکیل منفذ استوانه ای عمل می کند. روی هم رفته این نتایج نشان می دهد که مکانیسم پارداکسین بستگی به ترکیب غشا دارد.

یکی از روش های مفید برای بررسی جداسازی یون های آلینده ی آب روش شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد. در این پایان نامه شبیه سازی دینامیک مولکولی جداسازی یون های کلر و سسسدیم از آب با استفاده از نانو صفحات گرافنی انجام گرفته ونتایج نشان می دهند کسه حفسره هسای نسانومتری در صفحات گرافن را می توان به نحو مؤثری در جداسازی یون ها ازآب به کسار بسرد. بسا اسستفاده از شسبیه سازی دینامیک مولکولی عملکرد جداسازی چنیسن نسانو حفسره هسایی را بسه صسورت تسابعی از عوامسل شیمیایی و میدان الکتریکی اعمالی بیان می کنیم.تمامی شبیه سازی های انجام گرفته توسسسط نسسرم افسسزار صورت گرفته است. namd