به توانایی یک اکوسیستم در حفظ یک جامعه پایدار که شامل ترکیب، تنوع و عملکرد سازمانی موجودات زنده است، یکپارچگی اکولوژیک گفته می‏شود. شاخص‏های یکپارچگی اکولوژیک، تصویری از تغییرات محیط زیست را در بازه زمانی نسبتاً طولانی نشان می‏دهند که باید برای مدیریت دقیق‏تر اکوسیستم استفاده شوند. هدف از این مطالعه سنجش کارایی متداول‏ترین شاخص‏های اکولوژیک، برای ماهیان و بزرگ بی‏مهرگان آبی در ارزیابی رودخانه‏ی تجن است. ماهیان و بزرگ بی‏مهرگان آبی به ترتیب با استفاده از تور ماهیگیری ایستایی و دستگاه نمونه‏بردار سوربر در 17 ایستگاه در فصل پاییز سال‏های 1392 و 1393 نمونه‏برداری شد. تجزیه و تحلیل‏های آماری با نرم‏افزار‏های excel, spss, past و r انجام گردید. در سال اول و دوم به ترتیب تعداد 2416 و 2209 قطعه ماهی صید شد. تعداد کل افراد بزرگ بی‏مهرگان آبی برای سال اول و دوم به ترتیب 7098 و 6016 شمارش گردید. نتایج آزمون تحلیل تطبیقیِ قوس‏گیری شده قزل‏آلای خال قرمز و سس ماهی کورا، به عنوان گونه‏های شاخص منطقه برای آب‏های پاکیزه تایید می‏کند. آزمون تحلیل تطبیقی متعارف، به ماهیان و بزرگ بی‏مهرگان آبی در ارزیابی یکپارچگی اکولوژیکی رودخانه، امتیاز مشابهی داد. میزان اکسیژن محلول و دمای آب، بیشترین نقش را در توزیع ماهیان داشتند در حالی که در توزیع بزرگ بی‏مهرگان آبی، میزان ریزمغذی‏ها (فسفات و نیترات)، سهم زیادی داشتند. نتایج نشان داد کاراییِ شاخص یکپارچگی اکولوژیکی "کار" مربوط به آمریکا، برای ماهیان و شاخص "نسبت اکولوژیک" مربوط به اروپا برای بزرگ بی‏مهرگان آبی در ارزیابی یکپارچگی اکولوژیک رودخانه، بهتر از سایرِ شاخص‏های مورد مطالعه (13 شاخص بزرگ بی‏مهرگان آبی و 3 شاخص ماهی) بود. ضمناً، نتایج همه شاخص‏ها نشان‏دهنده کاهش کیفیت آب از بالادست به پایین‏دستِ رودخانه بود. بیشترین تاثیر منفی بر ساختار موجودات زنده اکوسیستم را به ترتیب کارخانه صنایع چوب و کاغذ و کار‏گاه‏های شن و ماسه داشتند.