درختان میوه هسته دار یکی از مهمترین محصولات کشاورزی در ایران می باشند که از سطح زیر کشتی معادل 203600 هکتار آن، سالیانه حدود1/536000 تن محصول برداشت می شود. در طول فصول رشد سال های 1390 تا 1392 و به منظور جداسازی و شناسایی قارچ های همراه با زوال درختان میوه هسته دار بازدیدهای متعددی از باغ های مختلف در استان کرمان به عمل آمد. از شاخه های درختان میوه هسته دار که دارای علائم بیماری شامل برگ ریزی، زردی، سرخشکیدگی، شانکر و ترشح صمغ و علائم مختلف داخلی شامل قهوه ای شدن بافت مرکزی، وجود رگه های قهوه ای تا سیاه رنگ و نکروز گوه ای شکل بافت چوب بودند نمونه برداری گردید. بافت های چوب که دارای علائم مختلف داخلی بودند برای جداسازی قارچ ها مورد استفاده قرار گرفتند. جداسازی عوامل قارچی از نواحی حاشیه ای بافت های مرده و با استفاده از محیط های کشت عصاره سیب زمینی- آگار (pda) و عصاره مالت-آگار (mea) حاوی سولفات استرپتومیسین انجام گردید. جدایه های به دست آمده بر اساس ویژگی های ریخت شناختی و ساختارهای تولید مثلی مورد شناسایی قرار گرفتند. در این مورد شناسایی گونه های phaeoacremonium با تجزیه و تحلیل بخشی از ژن بتاتوبولین (β-tubulin) با استفاده از دو آغازگر t1 و bt2b مورد تایید قرار گرفت. شناسایی گونه های botryosphaeria نیز با تکثیر و تجزیه و تحلیل ناحیه its با استفاده از دو آغازگر its4 و its5 مورد تایید قرار گرفت. به طور کلی در این مطالعه 664 جدایه قارچ از درختان آلوده به دست آمد. در این میان گونه phaeoacremonium aleiphilum با فراوانی بیشتری 26/65%) نسبت به سایر گونه ها از درختان میوه با علائم زوال جداسازی گردید. علاوه بر این pm. parasiticum (1/8%)، diplodia seriata (5/27%)، diplodia mutila (0/6%)، neofusicoccum parvum (7/83%)، botryosphaeria dothidea (1/2%)، cladosporium sp.، cytospora sp.، alternaria sp.، paecilomyces spp.، penicillium spp.، nattrassia sp.، fusarium spp.، phoma sp. و aspergillus spp. نیز از درختان بیمار و از نواحی مختلف جداسازی گردید. آزمون بیماری زایی در شرایط گلخانه ای و بر روی قلمه های انگور و شاخه های بریده شده درختان میوه برای گونه های phaeoacremonium و botryosphaeriaceae انجام گردید. بر اساس نتایج به دست آمده جدایه های مورد استفاده بیماریزا بوده و بعد از 30 روز باعث تغییر رنگ بافت چوب در محل مایه زنی شده گردیدند. بر اساس منابع موجود این مطالعه اولین گزارش از pm. parasiticum از درخت هلو، n. parvum و b. dothidea از درخت زردآلو و همچنین pm. aleophilum از درختان بادام و گیلاس می باشد.