خویشاوندان وحشی گندم به علت داشتن ژن های مقاومت به تنش های زیستی و غیرزیستی، منابع ژنتیکی با ارزش جهت استفاده در برنامه های اصلاحی می باشند. تعیین ساختار و روابط ژنتیکی این ذخایر لازمه استفاده از آن ها است. در این تحقیق، تنوع و ساختار ژنتیکی 40 ژنوتیپ از 9 گونه خویشاوند وحشی گندم، با استفاده از 226 نشانگر ssr گندم و 212 نشانگر ssr جو مورد بررسی قرار گرفت. از مجموع 438 جفت آغازگر مورد استفاده، 120 جفت در گونه های مورد مطالعه تکثیر نشان دادند و در نهایت 100 جفت آغازگر (50 آغازگر ssr گندم و 50 آغازگر ssr جو) چند شکل با الگوی نواری مناسب برای تجزیه تنوع و ساختار ژنتیکی استفاده گردید. با استفاده از 50 جفت آغازگر گندم، 205 آلل در ژنوتیپ-های مورد مطالعه تکثیر شد و تعداد آلل از 2 تا 12 با میانگین 1/4 به ازای هر جایگاه متغیر بود. برای این نشانگرها، میانگین تنوع ژنی و محتوای اطلاعات چند شکلی (pic) 53/0 و 48/0 بدست آمد. پنجاه آغازگر جو در مجموع 223 آلل در خویشاوندان وحشی گندم تکثیر کرد. دامنه تعداد آلل 2 تا 14 با متوسط 46/4 الل به ازای هر نشانگر تغییر کرد و میانگین تنوع ژنی و pic برای این نشانگرها به ترتیب 6/0 و 55/0 بود. در تجزیه واریانس مولکولی با استفاده از داده های ssr گندم، 52 و 48 درصد از واریانس کل به ترتیب توسط واریانس بین و درون گونه ای تبین گردید و این مقدار برای نشانگرهای جو به ترتیب 40 و60 درصد و برای مجموع نشانگرهای ssr گندم و جو، 39 و 61 درصد بود. تجزیه خوشه ای با استفاده از الگوریتم neighbor-joining و ضریب فاصله jucky cantor و با استفاده داده های مولکولی، ژنوتیپ های مورد مطالعه را مطابق با ساختار ژنومی آن ها تفکیک کرد. در تجزیه به بردارهای اصلی با استفاده از داده های ssr، سه بردار اصلی در مجموع بیش از 60 درصد از تغییرات مولکولی کل ژنوتیپ ها را تبیین کردند و براساس دو بردار اول، ژنوتیپ ها همانند تجزیه خوشه ای مطابق با ژنوم خود گروه بندی شدند. براساس پارامترهای ژنتیکی محاسبه شده، بیشترین و کمترین تنوع دورن گونه ای به ترتیب مربوط به گونه های ae. ambellulata و t. urartu بود.